鱼类，两栖动物和爬行动物中的DNA“化石”揭示了逆转录病毒的深层次多样性

根据中国南京师范大学的Xiaoyu Xu及其同事在PLOS病原体中提出的新研究，逆转录病毒是一种广泛的感染人类和其他脊椎动物的病毒，其多样性比以前认为的要大得多。

逆转录病毒包括HIV和其他在许多不同脊椎动物物种中引起疾病的病毒。大多数逆转录病毒研究都集中在哺乳动物和鸟类，但逆转录病毒也会感染许多其他脊椎动物。因此，逆转录病毒的总体多样性和深度进化史一直是模糊的。

为了提高对逆转录病毒的认识，Xu及其同事研究了脊椎动物DNA中的分子“化石”。这些“化石”可能来自逆转录病毒的正常感染周期：逆转录病毒将其遗传信息存储在RNA中，但当它们感染脊椎动物细胞时，它们将其RNA转录成整合到宿主基因组中的DNA。如果这发生在脊椎动物的生殖细胞中，病毒代码可以保存并通过许多代传递给后代。保存的遗传密码被称为内源性逆转录病毒。

研究人员在72种鱼类，4种两栖动物和16种爬行动物的基因组中寻找并分析了内源性逆转录病毒。他们鉴定了超过8,000种内源性逆转录病毒，并能够重建其中约450种的全部或部分基因组。这些发现极大地扩展了已知的逆转录病毒的数量，并表明今天在非禽/哺乳动物宿主之间传播的非内源性逆转录病毒的多样性可能远远超过目前的想象。

基因组的系统发育分析表明，在它们的进化过程中，许多非禽/哺乳动物逆转录病毒经常从一种优选的宿主物种转变为另一种。分析还表明，逆转录病毒经常在水和陆地物种之间传播，这表明多种水生进化起源。

本研究中的92种脊椎动物仅占非鸟类/哺乳动物脊椎动物多样性的约0.2%，因此很可能还有更多的内源性逆转录病毒未被发现。揭示其多样性和进化历史可以帮助预测，预防和减少逆转录病毒爆发的持续努力。

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