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基因组模型表征细菌物种

2018-12-07 16:22:34 • 来源：

某些非致病性细菌菌株大肠杆菌K-12 MG1655在实验室中用于研究微生物代谢系统生物学是非常宝贵的。然而，正在序列的大肠杆菌数量的增加显然使得K-12 MG1655仅构成大肠杆菌物种中基因组多样性的一小部分。

为了更好地了解大肠杆菌物种的代谢潜力，由圣地亚哥加利福尼亚大学的Jonathan Monk领导的一组研究人员，包括开罗大学的Ramy Aziz，构建了新陈代谢的基因组规模模型(GEMs)，将代谢基因与代谢途径相匹配，用于55个完全测序的大肠杆菌菌株。

基因组模型表征细菌物种

该团队使用GEM检测不同菌株在约650种不同营养环境中生长的能力。他们发现菌株的生长曲线与其致病性和适应周围环境的能力相对应。GEM还用于预测菌株是否可以合成某些对生长至关重要的维生素，并允许团队根据常见的代谢能力确定大肠杆菌菌株之间的差异。

“我们能够验证80%的计算预测的事实令人震惊，因为他们知道这些预测是针对55个基因组计算出来的，”阿齐兹说。“仍然有很多工作要做，因为超过三分之一的大肠杆菌基因产品的功能仍然未知，因此尚未出现在模型中。”

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