科学家在“一次性”DNA中发现了未知病毒

机会发现开辟了一种寻找未知病毒的新方法。在发表在病毒进化杂志上的研究中，牛津大学动物学系的科学家们发现，新一代测序及其相关的在线DNA数据库可用于病毒发现领域。他们开发了一种算法，可以检测碰巧出现在鱼血或组织样本中的病毒DNA，并可用于识别不同物种的病毒。

新一代测序已经彻底改变了基因组学研究，目前用于研究和理解遗传物质。它允许科学家从单一DNA中收集大量数据，然后将其整理成可公开访问的巨大的在线基因组数据库。

牛津大学动物学系研究员Aris Katzourakis博士和Amr Aswad博士最初偶然发现了数据库的新用途。在灵长类动物中寻找古老的疱疹病毒时，他们发现了两种新的无证病毒的证据。

在他们意外发现的刺激下，他们开始考虑是否可以有意识地达到同样的结果。在另一个寻找新的鱼类感染疱疹病毒的项目中，他们使用该技术检测了50多种鱼类基因组，以获得可识别的病毒DNA。果然，除了他们期望找到的疱疹病毒外，研究人员还发现了一系列不同寻常的病毒 - 甚至可能是一个新的病毒家族。这些特征散布在15种不同鱼类的碎片中，包括大西洋鲑鱼和虹鳟鱼。

为了确认病毒证据不仅仅是侥幸或数据处理错误，他们测试了当地超市和寿司餐厅的额外样品。在购买的样品中发现了相同的病毒片段。

研究作者，来自牛津大学动物学系的Aris Katzourakis博士说：“在鲑鱼基因组中，我们发现了一个完整独立的病毒基因组，以及几十个整合到鱼类DNA中的病毒DNA片段。我们从最近的研究中得知，病毒能够整合到宿主的基因组中，有时会在那里保存数百万年。在这种情况下，看起来病毒可能通过窃取鲑鱼本身的基因而获得整合的能力。，它解释了它如何在鲑鱼基因组中如此普遍。“

这项研究成功的关键在于其跨学科方法，结合了两个领域的技术：进化生物学和基因组学。它们共同构成了古代病理学新领域的核心 -古代病毒的研究将DNA转化为宿主，有时甚至是数百万年前。使用的每种技术都被开发用于分析大量的DNA序列数据。

牛津大学动物学系和圣希尔达学院的共同作者和研究助理Amr Aswad博士说：“发现新病毒历来偏向于表现出疾病症状的人和动物。但是，我们的研究表明下一代有用DNA测序可以用于病毒鉴定。对许多人来说，病毒DNA，例如黑猩猩或猎鹰数据是一种麻烦，而且是一种需要从结果中过滤掉的流氓污染物。但我们认为这是一个等待被利用的机会，因为他们可以包括值得研究的新病毒 - 正如我们在研究中发现的那样。我们可能会抛弃非常有价值的数据。“

发现新病毒在历史上并不是一个简单的过程。细胞不能自行生长，因此必须在实验室培养才能进行分析，这需要数月的工作。但牛津大学的研究为未来提供了巨大的机遇。

除了这项研究之外，该方法还可用于识别一系列不同物种的病毒，特别是那些已知存在传染性疾病的病毒。例如，蝙蝠和啮齿动物是传染病的臭名昭着的载体，它们似乎对它们免疫。蚊子等昆虫也是伤害人类的病毒性疾病的携带者，如寨卡病毒。如果有效地应用该方法可以在爆发甚至发生之前发现其他病毒。

Katzourakis博士补充说：“与更传统的病毒学方法相比，这种技术的真正优势之一是发现的速度，以及缺乏对识别患病个体的依赖。收集的病毒数据，否则可能被丢弃令人讨厌的是一种寻找病原体和良性病毒的独特资源，否则这些病毒将无法被发现。“

该团队接下来将开始确定病毒的影响，以及它们是否对疾病或商业养鱼产生任何长期影响。虽然感染性病毒可能不会在其天然宿主中引起疾病 - 在这种情况下，鱼类。存在跨物种传播给养殖鱼类或野生种群的风险。

然而，对人类的风险很小。Aris Katzourakis博士说：“就这样说吧，我不会停止吃生鱼片。”

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