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生物学中高分辨率3 D细胞成像技术的快速发展需要数据解决方案

2019-01-26 10:40:13 • 来源：

随着生物成像革命为科学家们提供了关于细胞内部运作的更详细的观点，人们越来越需要公共基础设施来存储，共享和链接使用高分辨率成像技术生成的大量数据集。欧洲生物信息学研究所(EMBL-EBI)补充了欧洲生物信息学等大规模EMBL主导的政府间举措，扩展了其EMPIAR数据服务，以适应新的高分辨率成像模式，如扫描电子显微镜(SEM)。今天发表在“ 自然方法”上的一篇信函介绍了该资源，并展示了未来的发展。

生物学中高分辨率3 D细胞成像技术的快速发展需要数据解决方案

EMPIAR是EMBL-EBI用于原始2D图像的全球公共数据资源，为开发数据处理，解释和验证的新方法提供了宝贵的数据 - 所有这些都是存档和质量控制的基本活动。“EMPIAR中存档的原始图像数据对于许多事情非常有用，包括公开提供与有争议研究相关的原始数据，”EMBL-EBI分子和细胞结构服务主管Gerard Kleywegt解释道。

EMPIAR是EMBL-EBI的电子显微镜数据库(EMDB)的一部分，旨在处理非常大的数据集：平均入口约为700千兆字节，最大入口超过6太字节。最近的数据集包括四个相关的3D SEM条目，显示疟疾寄生虫感染红细胞的不同阶段。EMPIAR是目前存档这些数据并将其提供给其他科学家的唯一方法。

“EMPIAR允许我们共享大型原始数据集，”EMBL的John Briggs说，他的团队开发并应用先进的低温电子显微镜技术研究HIV等包膜病毒。“这些可以被其他实验室看到，这些实验室可能对数据的其他方面感兴趣，或者用于测试或比较新的图像分析管道。”

“EMPIAR是一个非常及时的，社区驱动的归档计划的典范，完全符合我们提供支持生命科学发现的服务的使命，”EMBL总干事Iain Mattaj说。“它支持尖端的成像方法，例如EMBL开发的那些方法，为数据提供一个家，并允许社区改进他们的解释。这使我们能够越来越精确地了解生命过程。”

EMPIAR团队正在研究适应其他成像模式的方法，例如软X射线断层扫描 - 桥接光学显微镜和电子断层扫描之间的尺度和分辨率差距 - 以及相关光和电子显微镜(CLEM)。

“在CLEM中，研究人员使用荧光标记检测细胞中的有趣事件，然后使用高分辨率EM仔细观察，”EMBL-EBI蛋白质数据库欧洲团队协调员Ardan Patwardhan说。“我们正在与该领域的先驱者合作，寻找存储和关联这些数据类型的最佳方式，这将为研究提供非常强大的工具。”

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