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微生物可能会带来一些可再生危机的责任

2019-04-07 09:36:08 • 来源：

或过去的几年里，科学已被一些东西考虑的再现危机的想法，当其他科学家甚至同一科学家重复，有时甚至许多已发表的研究没有产生相同的结果所困扰。调查和研究提出了无数的原因，例如不可靠的试剂和细胞系，选择性统计，对具有阳性结果的出版研究的偏见以及动物模型中的遗传差异。

微生物可能会带来一些可再生危机的责任

加州大学戴维斯分校的微生物学家和免疫学家AndreasBäumler及其团队最近在上个月(3月25日)发表了自然微生物学的证据，至少在一些小鼠研究中，这个问题可能归结为模型中的细菌问题。肠道。他们发现同一品系但从不同供应商处购买的小鼠在实验过程中对感染的敏感性不同，这种现象可以通过改变微生物组来解释。

“这基本上是一项非常完善的研究，人们已经知道了一段时间，并且做了各种各样的事情，”密歇根大学医学院的微生物学家Vincent Young说，他不参与这项研究。“在某些情况下，如果结果有些变化，你认为你已经控制了一切。这是你需要考虑的另一件事，以确保你已经考虑到了它。。。。不要再理睬了。“

Bäumler和他的团队研究鼠伤寒沙门氏菌(Salmonella typhimurium)，这是引起沙门氏菌感染的细菌，以及它如何使用小鼠模型与肠道中的宿主相互作用。在实验过程中，当一组动物暴露于病原体时，并非所有动物都会生病，而且那些动物会生病，这种疾病会带来不同的收费。

为了尽量减少这些差异并使其工作尽可能重现，Bäumler已经着重使用了遗传相似的老鼠。但这并没有消除所有可变性。他想知道差异是否起源于肠道，特别是来自不同供应商的遗传相似老鼠的微生物差异。

为了确定是否是这种情况，他的小组从四家公司购买了相同的小鼠品种并进行了一系列实验，以确定他们的微生物群是否存在差异以及这可能如何影响感染。

“一旦你知道为什么事情是可变的，那么进展和进行可重复的实验变得非常容易。艰难的一步是找出导致变化的原因，“Bäumler说。

参见“伟大的大清理”

他和他的团队暴露小鼠S.鼠伤寒沙门氏菌，并指出，得了病的那些通常来自同一供应商来了，而有抗性的那些从其他公司来了。

为了确定这种不一致与不同的肠道微生物是否有关，该小组进行了粪便移植 - 从小鼠身上取出微生物群落的样本，并将它们转移到已经消灭了微生物组的无菌小鼠身上。正如预期的那样，接受抗性小鼠移植的小鼠也抵抗感染，而从易感捐献者接受移植的小鼠生病。

当团队对动物的微生物RNA进行测序时，没有什么能够突出。“很明显它是微生物群，”Bäumler说。“[所以]我们试图对所有事情进行重新排序，但这并没有给我们任何关于谁负责的线索。”

该小组尝试将易感小鼠与来自其他供应商的小鼠共处14天，这已知导致微生物共享。一些易感小鼠对感染有抵抗力，但不是全部。同样，科学家对抗感染的小鼠和没有感染的小鼠的微生物群进行了测序，并注意到某些细菌肠杆菌科-鼠伤寒沙门氏菌所属的细菌家族- 已被转移到抗性细菌中。小鼠但不是易感小鼠。“这是第一个暗示，”巴穆勒说。

在这种洞察力的基础上，研究小组从抗性小鼠中分离出肠杆菌科细菌，并将其分给易感小鼠。有效;以前脆弱的动物现在抵抗感染。

研究小组发现鼠伤寒沙门氏菌和肠杆菌科细菌-大肠杆菌- 具有非常相似的代谢。与肠道中的许多其他细菌不同，它们都需要氧气才能繁殖。在实验的最后步骤中，研究人员淘汰的一种酶的大肠杆菌用于呼吸作用氧，而导致的膨胀S.鼠伤寒沙门氏菌。

虽然Young指出敲除这种酶可能会产生其他看不见的影响，但Bäumler说病原体的扩张表明这两种物种一直在竞争同样的营养素。

Bäumler强调，这一结果对于帮助科学家最大限度地减少研究中的变异性非常重要。

“这就是其中一些问题的一线希望。。。。是的，这是重现性问题。是的，我们所有人，如果我们正在做小鼠研究，我们需要了解这些事情并且非常了解这些变量，“密苏里大学兽医学院的微生物学家和病理学家Aaron Ericsson说。突变小鼠资源和研究中心，为其他实验室的小鼠基因和微生物组提供测序服务。“但是我们还需要退后一步，'嘿，这真的很有趣。这会告诉我们这种疾病有什么用?我们能以某种方式在治疗上或诊断上利用它吗?'“

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