追踪旅行者的伤寒以便对新出现的威胁进行预警

肠炎沙门氏菌(Salmonella enterica serovar Typhi)每年导致超过2000万例伤寒病例，并且不成比例地感染中低收入国家的儿童。现在，在PLOS被忽视的热带病中发表的一篇论文中，研究人员展示了英国公共卫生部(PHE)收集的常规数据如何用于深入了解世界各国的伤寒沙门氏菌基因组学，提供早期预警系统。新出现的威胁，如抗生素耐药性和国外疾病爆发。

伤寒是一种细菌感染，可以传播到全身。如果没有及时治疗，可能会导致严重的并发症并且可能致命。人们越来越担心多重耐药的伤寒沙门氏菌，不同形式的细菌表现出对不同类别药物的抗性。使用全基因组测序(WGS)，可以预测对抗生素的易感性，突出了使用基因组技术为治疗策略提供信息的机会。然而，在伤寒流行的地区，不常规进行细菌分离和血培养确认感染

PHE使用全基因组测序和许多其他细菌对沙门氏菌进行监测，以便提供准确的诊断，快速检测爆发并确定新威胁的出现。由于英国S. Typhi的大多数病例都是在国外获得的，因此该数据提供了丰富的信息来源，可以描绘出伤寒沙门氏菌感染的全球情况。在这项新工作中，澳大利亚国立大学的Danielle Ingle及其同事分析了2014年4月至2017年3月期间寄往PHE的所有S. Typhi菌株的全基因组测序数据，主要是从高风险地区返回的旅行者。

在研究期间由PHE收集的533株分离物包括449例病例，其中患者报告最近到26个国家的外国旅行。据报告，大多数病例前往南亚，特别是印度，巴基斯坦和孟加拉国。WGS揭示了31种独特的伤寒沙门氏菌基因型，尽管大多数分离株(73.4%)属于细菌的一种亚型，这种情况在前往15个国家的病例中被鉴定出来。总体而言，24%的分离株是耐多药的伤寒沙门氏菌，并且这些分离株与前往南亚，东非和西非的10个国家有关。研究人员能够确定世界上哪些国家存在基因型和耐药模式的趋势，包括第一例ESBL S. Typhi 在英国，来自2018年描述的前往巴基斯坦的病人。

“ 这里提供的全基因组测序数据提供了对S. Typhi内抗菌药物抗性动态变化的深入了解，”研究人员说。

“公共卫生英格兰是使用全基因组测序技术进行常规沙门氏菌监测的世界领先者。令人兴奋的是，这项研究表明PHE和其他公共卫生实验室现在常规生成的数据可用作目前伤寒流行国家的哨点基因组监测。 Kathryn Holt教授表示，缺乏正式的地方监测计划，提供有助于当地疾病管理的菌株和抗菌素耐药性的宝贵信息。

“在国外获得感染的旅行者对病原体进行常规基因组监测，使我们能够深入了解世界不同地区流行的菌株。这提供了一个预防系统，可以抵御新出现的威胁，包括耐药性抗生素所带来的威胁。我们的技术也可以在来源跟踪国外未来疫情的来源方面发挥重要作用，帮助为旅行者提供公共卫生建议，“Tim Dallman博士补充道。

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