非洲中部的血流感染由沙门氏菌菌株引起几乎对所有药物均有耐药性

第一个广泛耐药(XDR)的鼠伤寒沙门氏菌(Salmonella Typhimurium)菌株是刚果民主共和国(DRC)在撒哈拉以南非洲每年造成数百万血液感染的病原体。随着时间的推移，连续的鼠伤寒沙门氏菌的耐药性增加。这些新菌株对刚果民主共和国的一种常用药物具有抗药性，其中一种样品对这种最终抗生素的敏感性降低。

这项研究于今天(2019年9月19日)在Nature Communications上发表，由安特卫普热带医学研究所(ITM)，刚果民主共和国国家研究所(INRB)，威康桑格研究所，大学的研究人员进行。剑桥大学及其合作者。研究结果表明，在过去的几十年里，鼠伤寒沙门氏菌在撒哈拉以南非洲已经发展，并且仍在继续发展。需要采用多方面的方法来追踪和控制XDR 沙门氏菌的传播，包括进一步的微生物和基因组监测。

大多数沙门氏菌感染导致与食物中毒相关的症状。虽然令人不快，但在绝大多数病例中症状不会危及生命。但在撒哈拉以南非洲，沙门氏菌如鼠伤寒沙门氏菌可引起血液感染，称为侵入性非伤寒沙门氏菌(iNTS)感染。

每年，iNTS感染估计影响340万人，导致全球681,316人死亡，其中大部分是由鼠伤寒沙门氏菌引起的。在刚果民主共和国等地区对iNTS感染的控制和治疗由于获得医疗保健，基础设施面临的挑战和免疫力下降而变得复杂，五岁以下的儿童尤其处于危险之中。

众所周知，撒哈拉以南非洲的iNTS感染主要是一种名为ST313的鼠伤寒沙门氏菌，它与抗生素耐药性有关。两组ST313(命名为血统I和II)独立分裂，随后分布在非洲大陆。随着时间的推移，抗生素耐药性一直在增长，血管II现在是iNTS感染的主要原因。

现在，全球研究伙伴关系正在努力了解沙门氏菌 ST313 如何继续发展和发展耐药性。INRB和ITM的研究人员在刚果民主共和国医院收集的疑似血液感染人群的血液样本中观察到鼠伤寒沙门氏菌引起血液感染前所未见的抗生素耐药水平，包括抗生素阿奇霉素 - 一种通常保留的抗生素药物案例其他证明无效。

为了更好地理解这些发现，这些菌株进行了基因组测序和分析，包括ITM和Wellcome Sanger研究所的生物信息学分析和实验室实验，以及基因组病原体监测中心(CGPS)的机器学习分析。对这些鼠伤寒沙门氏菌基因组的分析鉴定了一个新的亚组，该亚组从ST313分支，命名为谱系II.1。据估计，这一新组织于2004年出现，具有广泛的耐药性(XDR)。

Sandcome Van Puyvelde博士是Wellcome Sanger研究所热带医学研究所和访问科学家研究的第一作者，他说：“所有抗生素抗性基因都有助于”XDR“存在于同一质粒上。这是令人担忧的，因为质粒是一种可以转移到其他细菌的移动遗传元件。在积累更多的抗生素抗性的同时，我们发现新的鼠伤寒沙门氏菌系也显示出进一步的遗传和行为变化，这表明细菌不断向血流感染进化。“

研究人员还研究了鼠伤寒沙门氏菌适应侵入性“生活方式”的方式，从导致胃肠道疾病的沙门氏菌形式转向导致撒哈拉以南非洲地区危险的侵入性血液感染的类型。除实验室实验外，还使用机器学习算法对样本进行测试，该算法旨在寻找沙门氏菌 DNA中的特征模式，以指示可能导致危险的侵入性感染。

位于Wellcome Sanger研究所的基因组病原体监测中心的生物信息学家Nicole Wheeler博士说：“在实验室中，我们观察到我们在其他侵入性沙门氏菌中发现的这一新的鼠伤寒沙门氏菌的变化。作为生物信息学家，有趣的是我们已经能够利用机器学习来获取这些变化。希望在不久的将来，我们将能够以更具预测性的角色部署机器学习，以帮助控制出现和传播的抗药性细菌如菌株鼠伤寒沙门氏菌 “。

INRB和ITM在过去十年中已经建立了血流感染监测，这在早期检测XDR 鼠伤寒沙门氏菌中起关键作用。

刚果民主共和国INRB的Octavie Lunguya教授说：“ 在我们的血液感染监测活动期间，我们从刚果民主共和国医院的患者中分离出鼠伤寒沙门氏菌。现在，我们必须密切监测细菌及其进展。”

来自剑桥大学的Gordon Dougan教授说：“这样的研究是独一无二的，因为我们正在通过深入的生物学研究在世界各地医院观察到的最重要的健康问题之间架起桥梁，我们应用尖端技术。像这样的合作是关键，将来对于了解新出现的疾病将是非常重要的。“

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