难以捉摸的有毒哺乳动物加入了基因组俱乐部

在开放获取期刊GigaScience中，科学家们提出了一种类似小型sh like动物的基因组草图，即有毒的Hispaniolan螺旋体(Solenodon paradoxus)。这个物种不同寻常，不仅因为它是极少数有毒的哺乳动物之一，它也是恐龙时代与其他食虫动物分开的哺乳动物的唯一剩余分支。这种濒危动物的基因组测序和分析由Mayagüez的波多黎各大学的Taras K. Oleksyk博士领导的国际小组进行。电磁阀基因组序列的可用性使研究人员能够回答几个进化问题，特别是在流星撞击结束恐龙时能否存活的电磁阀物种。

作为唯一现存的有毒哺乳动物之一，电磁阀修饰了唾液腺，通过动物锋利的门牙上的凹槽分泌有毒唾液(“电磁阀”来源于希腊语中的“带槽牙”)。它们还具有其他几种原始且非常不寻常的特征，适用于哺乳动物 - 非常大的爪子，带有球窝关节的柔韧鼻子，以及位于其后部的奇怪定位的乳头。虽然对哺乳动物的生命树进行了大量研究，但这是与“基因组俱乐部”相关的最远距离相关的分支。它对保护具有特别重要性和意义，因为形态测量研究表明，南部和北部的伊斯帕尼奥兰电极管可能是亚种而不是单独的物种。

Solenodon在遗传和地理上是孤立的。它们极度濒临灭绝，只留在加勒比群岛古巴和伊斯帕尼奥拉岛的几个偏远角落。它的夜间生活方式使它更难以捉摸，因此研究较少。因此，研究人员必须与InstitutoTecnológicodeSanto Domingo和UniversidadAutónomadeSanto Domingo的当地专家以及当地导游一起工作，他们帮助他们在晚上跟踪和伏击通过电磁阀。

其中一位主要作者Juan Carlos Martinez-Cruzado博士说：“本地资源对于这类工作是绝对必要的。只有他们真正了解他们的动物的行为。这个项目可能为许多其他人打开大门，我们总是假设这将成为帮助多米尼加共和国的研究，教育和保护工作的众多项目之一。“

该项目不仅仅涉及获取血液样本生物的挑战;电磁操纵子基因组证明特别难以测序。在加勒比地区偏远地区开展基因组学研究提出了挑战，特别是在向实验室运输高质量DNA方面。由于DNA质量差以及预算有限，进行测序的商业实验室每个人的覆盖率非常低。

已经冒险进入丛林，研究人员通过开发组装基因组的新方法接受了这一新挑战。首先，研究人员推断，由于该物种已经隔离存在了数千万年，它是非常近交的，并且具有非常纯合的基因组。这导致了潜在的解决方法，因为可以汇集五组收集的基因组数据以增加覆盖率。尽管存在初步的疑虑，但这比预期更好，特别是当该策略与字符串图方法相结合而不是更标准的de Brujn图形组装方法时。字符串图包含比de Brujn图更多的测序数据。基于此处的结果，这种新技术为基因组提供了低预算的替代方案装配，特别是在濒危物种的高度纯合的基因组中。

该论文的第一作者Kirill Grigorev说：“对我而言，这项研究中最有趣的部分可能是提供适合比较基因组学的从头基因组装配的挑战，使用的测序数据量远小于在其他类似的项目中。“

在进行组装后，研究人员获得了足够质量的数据，以回答有关电磁阀演变的许多科学问题。关于保护计划，该数据支持了至少30万年前在Hispaniolan电磁阀内存在亚种分裂的观点，这意味着北部和南部种群应被视为两个独立的保护单元，因此可能需要独立的育种策略。

这些数据还揭示了该分支的最初物种形成事件，并表明电磁阀可能与7360万年前其他现存的哺乳动物不同。奥莱克西克博士说：“我们已经确认了电磁阀的早期物种形成日期，因为在加勒比小行星受到小行星撞击之后电磁阀是否确实在恐龙死亡中存活下来，正在进行辩论。”

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