勾画出转录因子代码结合模式反映了因子的基因表达角色

广泛的科学家发现，转录因子在调节DNA中结合的位点分为六种不同的模式，与因子的功能重叠，有助于推进监管基因组学的目标。

规定调节DNA元件如何称为增强子控制基因表达的规则仍然是模糊的，但很明显它们通过称为转录因子(TF)的特殊蛋白质起作用。一组广泛的科学家发现TFs在增强子中的结合位点以不同的模式聚集，反映了因子在基因表达控制中的作用。

这些模式可能构成基于位置的代码，对于试图学习如何仅从序列数据中预测增强子活动的研究人员来说，这可能是一个福音。

由研究生Sharon Grossman和研究所所长Eric Lander领导的研究小组在PNAS上报告了他们的研究结果。

TF在称为基序的特定序列上与增强子(其监督基因表达的整个程序)和称为启动子(其中基因转录开始)的其他调节元件结合。一旦结合，这些蛋白质执行各种工作，从解开DNA到阅读基因和编写RNA。

Broad团队在47种细胞类型中调查了103个因子的基序，重点是核小体缺失区域(NDRs)：TFs可以结合的未受阻的调节DNA片段。当团队比较图案的位置时，出现了六个不同的组，与因素的已知角色重叠。

这些小组并未在小组审查的所有NDR中均匀分布。相反，该团队指出，某些群体始终在所有47种细胞类型中共同发生。例如，具有第4组基序的增强子也包含来自第3组的更多基序，并且更少来自第5组和第6组 - 表明TF的不同组合可以与不同种类的增强子一起起作用。

该团队的研究结果代表了迈向长期目标的新步骤：通过查看DNA序列，定义一种模型，用于预测增强子在给定细胞类型中的活动。他们打开了大门，进一步了解什么构成了一个活跃的，功能性的增强器，而不是一个非活动的增强器。

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