中国基因网

中国基因网您的位置：首页 >行业资讯 >

新的全基因组扩增方法减少了其他方法引入的偏差

2018-12-29 09:52:59 • 来源：

在哈佛大学工作的一组研究人员开发了一种新的全基因组扩增方法，该方法优于目前正在使用的其他方法。在他们发表在“ 科学 ”杂志上的论文中，该团队描述了他们的技术以及在用于测量暴露于紫外线辐射后人体细胞中单核苷酸变异时的表现。

新的全基因组扩增方法减少了其他方法引入的偏差

随着科学家们继续寻求完全理解基因组，不断开发新的工具。研究的一个途径涉及深入研究几乎相同的单个细胞之间的差异- 胚胎细胞，例如 - 每个细胞都有自己独特的基因组，即使在同一个生物体中也是如此。先前的研究已经产生了扩大细胞之间差异或差异的工具，这不仅有助于更好地理解基因组如何工作，而且还有实际应用。已经开发并用于研究和测量单个细胞之间的遗传变异的一种这样的工具是MALBAC-它用于体外受精筛选胚胎。但正如研究人员还指出的那样，它受到等位基因丢失的影响，这限制了其调用单核苷酸变异的能力。在这项新的努力中，研究人员找到了一种改进技术的方法 - 改进的版本称为通过转座子插入的线性扩增(LIANTI)，他们声称它具有千碱基分辨率。

LIANTI的工作原理是使用团队设计的转座子将细胞中的遗传物质分段。转座子是一种能够改变其在基因组中的位置的DNA。它具有19个碱基对的双链转座酶结合点和单链T7启动子环。转座子带有一个启动子，它是开始转录过程的DNA的一部分。启动子用于扩增下游DNA，允许创建可以测序的文库。初步迹象表明，新技术将胜过其他方法。

研究人员通过将人体细胞暴露在紫外线下然后测量它们的方差来测试他们的技术 - 他们报告他们的方法覆盖了97%的基因组，这明显优于其他方法。

进一步探索： 检测单细胞基因组突变的突破

更多信息： 陈崇义等。通过转座子插入的线性扩增进行单细胞全基因组分析(LIANTI)，Science(2017)。DOI：10.1126 / science.aak9787

抽象

单细胞基因组学对于生物学和医学非常重要。然而，目前的全基因组扩增(WGA)方法受到拷贝数变异(CNV)检测的低准确度和低扩增保真度的限制。在这里，我们报告了一种改进的单细胞WGA方法，即通过转座子插入的线性扩增(LIANTI)，其优于现有方法，能够以千碱基分辨率进行微型CNV检测。这允许直接观察DNA复制起点的随机激发，其在细胞与细胞之间不同。我们还表明，在单细胞基因组学中观察到的主要的胞嘧啶 - 胸腺嘧啶突变通常起因于细胞裂解后胞嘧啶脱氨作用。然而，鉴定单核苷酸变异(SNV)可以通过对亲缘细胞进行测序来完成。

郑重声明：本文版权归原作者所有，转载文章仅为传播更多信息之目的，如有侵权行为，请第一时间联系我们修改或删除，多谢。

推荐内容