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识别植物和动物DNA开关更快更便宜

表观遗传学是全世界快速发展的研究领域。由于开发了一种新的研究技术,生态表观遗传学已经得到进一步发展。“这种技术更便宜,速度更快,可以进行以前无法进行的研究。” 现在是时候研究表观遗传变化对于应对气候变化,瘟疫和其他压力因素的重要性。由荷兰生态研究所(NIOO-KNAW)领导的研究小组正在科学期刊“ 自然方法 ”中发表其技术。

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它没有在你的基因中找到,但它是遗传的。这定义了表观遗传。前缀'epi'表示'on',在这里它用于表示“在DNA之上”。DNA的表观遗传变化会迅速改变基因的激活和失活,并可能决定很多。

NIOO研究员和新epiGBS技术的创造者Thomas van Gurp解释说:“如果没有广泛的先验知识,就无法潜入并对随机植物物种中的表观遗传变异做出详细的断言。” 缺乏正确的工具。与来自Radboud University Nijmegen的实验室技术人员Niels Wagemaker和瓦赫宁根大学的研究人员一起,进一步开发和测试了epiGBS方法。“通过我们的新方法,现在可以实现。”

吸烟(枪)

表观遗传学研究已成为全世界研究领域的巨大成果。例如,在人类中,它被证明与癌细胞的发育和怀孕期间影响胎儿的环境因素有关。后者包括吸烟或战争困扰等因素。对表观遗传学的兴趣最近也进入了生态学和进化研究领域。快速的表观遗传变化是否与幸存的瘟疫和气候变化有关?在生态学和进化方面,适应能力至关重要。遗传适应需要时间,但表观遗传变化可以迅速发生。“这对作物种植者也很感兴趣,”Van Gurp解释道。“通过给予亲本植物特定的处理,是否有可能使下一代植物更好地适应?”

它是如何工作的?

你是如何开始的?首先,您收集了数十甚至数百种植物的样本。然后,你分离DNA。现在,您应用新方法,该方法仅表征基因(遗传)以及基因修饰(表观遗传)的某些DNA片段。Van Gurp继续详细阐述,他用双臂说明DNA链,“这些信息可以立即揭示许多事物:那个基因,就是转座子,这是表观遗传变异。这对于(相对)未研究的物种来说是一种特别有用的方法,或者研究人员称之为“没有模型物种的参考基因组”。“ 现在这一切都可以在两周内完成。这特别有用,因为我们这个星球上只有少数模式物种和巨大的生物多样性。

已经存在用于扫描表观遗传甲基的技术。“但是这些技术要么大部分都是不完整的,要么只有你已经有了参考基因组才有可能。第一种技术让你有大量的猜测,而第二种方法既昂贵又费时,这意味着它绝不是正常的选择。物种,“高级研究员Koen Verhoeven解释道。“我们现在已经解决了这两个问题。” 研究人员通过DNA技术和强大的生物信息学的巧妙结合实现了这一目标,这些信息将信息放在正确的位置。“从无到有,你正在为你想要的物种中的数千条DNA创建遗传和表观遗传图谱。”

这也立即解决了另一个重要问题:研究结果的差异有时出现在拟南芥等模型物种之间,我们知道所有物种,以及其他物种。“这是物种之间差异的结果还是由于采用了不同的技术?这对研究来说是致命的!” 从现在开始,比较终于成为可能。

Verhoeven继续说道,“这项新技术大大推动了生态表观遗传学的发展。”

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