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用于单细胞的新型跟踪和量化工具

2019-01-18 10:34:50 • 来源：

HelmholtzZentrumMünchen和慕尼黑技术大学的科学家们与苏黎世联邦理工学院的同事们合作开发了一种软件，可以在观察细胞数周的同时测量分子特性。该软件免费提供，现已在Nature Biotechnology中引入。

用于单细胞的新型跟踪和量化工具

现代细胞生物学中的某些问题只能通过专门观察个体细胞的命运来回答。例如，研究人员对干细胞如何发展成其他细胞类型感兴趣。由于在某些情况下此类过程需要几天才能完成，因此使用标准方法进行分析(通常只测量过程的单个时间点)是不够的。

但所谓的延时显微镜电影的录制和分析并非易事：“一方面，有必要拍摄足够的图像，以免失去对细胞的追踪，另一方面，这导致数据量巨大，在某些情况下有数百万张图像，“Fabian Theis博士博士报道了解释之前的困境。“因此，我们的想法是将这些新兴的大数据用于科学。” Theis是慕尼黑Helmholtz Zentrum的计算生物学研究所(ICB)主任，并担任慕尼黑工业大学生物系统数学建模主席。他与总部设在巴塞尔的苏黎世联邦理工学院生物系统科学与工程系(D-BSSE)的Timm Schroeder教授一起领导了这项研究。

软件在线提供

Schroeder自己在亥姆霍兹中心慕尼黑进行了研究，直到2013年，并且一直在调查干细胞的动态。因此，他非常清楚新软件能够做到的事情：“我们整理了两个独立的软件包：一个手动跟踪工具和一个半自动量化工具，用于延时显微镜电影中的单个细胞分析。两者一起允许测量细胞周期的长度，某些蛋白质的表达动态，以及姐妹细胞之间这些特性的相关性。“

就科学家而言，这些计划提供的新可能性应尽可能为全世界的研究人员所用。因此，该软件是免费提供的，可以从以下链接下载：www.bsse.ethz.ch/csd/software/ttt-and-qtfy.html

尽可能消除技术障碍。“我们的重点是使应用程序也可供没有后台IT专业知识的研究人员使用，”Schroeder解释道。该应用程序似乎运行良好：两个高级出版物可以追溯到间谍软件的细胞。

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