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研究人员成功测序了单个细胞的总RNA

2019-04-26 10:38:49 • 来源：

通过结合多种方法，日本RIKEN先进计算与通信中心(ACCC)的研究人员开发出一种方法，可以对单个细胞的总RNA进行全长测序。进行此类全长测序的能力对于了解单个细胞如何在生物系统中发育和发挥作用非常重要。

研究人员成功测序了单个细胞的总RNA

在解码不同物种和生物体的基因组和转录组RNA表达方面取得了很大进展，但仍有许多工作要做，以了解单个细胞中发生的情况。迄今为止单核细胞RNA测序(一种解码单个细胞转录组的技术)的关键挑战之一是难以确定非多腺苷酸化的RNA序列 - 这种修饰几乎在所有信使RNA。非多腺苷酸化的RNA具有低表达并且具有略微不同的结构。最近的研究表明，非多腺苷酸化的RNA参与多种细胞功能和疾病。尽管它们很重要，但到目前为止，方法要么无法检测到非多腺苷酸化的RNA，要么只能以非常低的灵敏度检测它们。

为了克服这一局限，RIKEN科学家结合了多种方法开发了一种名为随机置换扩增测序(RamDA-seq)的系统，该系统对多腺苷酸化和非多腺苷酸化RNA均高度敏感，对经常发生的偏倚类型具有强烈免疫力。在测序期间。结果发表在Nature Communications上。

通过一系列测试，他们确定RamDA-seq非常敏感，并且具有良好的重现性。他们发现它可以提供极长转录本的全长序列，并且与以前的方法不同，对非多腺苷酸化RNA非常敏感。他们将RamDA-seq应用于小鼠胚胎干细胞并正确检测已知RNA的序列，以及之前未知的其他序列。

使用RamDA-seq，科学家发现了许多有趣的事实。首先，他们表明，非多腺苷酸化的RNA以依赖于分化状态的方式动态调节，因此不同阶段的单个细胞可能以不同的方式表达它们。他们还发现了一种独特的现象 - 称为递归剪接，近年来引起了人们对某些基因的关注，并且能够在单细胞水平上分析这些现象。最后，他们发现RamDA-seq可用于了解反映调节基因组区域功能的增强子RNA-RNA的活性。

根据ACCC生物信息学研究部门负责人Itoshi Nikaido的说法，“我们对这个新系统取得的积极成果感到非常兴奋，并且非常希望世界各地的研究人员能够用它来为我们提供新的见解进入个体细胞的基因表达，让我们更好地了解生物系统的复杂性。“

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