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ENCODE项目DNA元素的ENCyclopedia

2018-12-15 15:04:21 • 来源：

国家人类基因组研究所(NHGRI)支持名为ENCODE的公共研究联盟，即 Enc yclopedia O f D NA E lements，以识别人类和小鼠基因组中的所有功能元件。

ENCODE项目DNA元素的ENCyclopedia

ENCODE已经生成了大量数据，可以通过项目的可自由访问的数据库ENCODE Portal访问。ENCODE“ Encyclopedia ”将这些数据组织成两个注释级别：1)综合级注释，包括候选顺式调控元素的注册表和2)直接从实验数据中获得的地面注释。

作为外展和协作的结果，ENCODE数据被广泛使用。可以在ENCODE门户上找到使用ENCODE资源的出版物列表。(参见ENCODE资助的出版物和社区出版物。)ENCODE门户网站还提供来自modENCODE的数据以及来自RoadMap Epigenomics和Gene Regulation of Gene Regulation项目的数据。有关数据标准和指南以及统一数据处理的其他信息也可以在ENCODE门户网站上找到。

ENCODE项目于2003年启动，试验阶段的重点是人类基因组的1%，随后完成了另外两个阶段(ENCODE 2和ENCODE 3)，这些阶段对人类和小鼠基因组进行了全基因组分析。在modENCODE项目下，同时致力于秀丽隐杆线虫和黑腹果蝇基因组的全基因组分析。鉴于需要采用新的方法，方法和技术来实现ENCODE的目标，NHGRI自2003年以来还资助了四轮技术开发计划。其中一些努力已纳入ENCODE数据生成和分析的后续阶段。

随着ENCODE项目这三个阶段的成功以及认识到需要额外的努力来完成和理解编制的候选监管要素目录，NHGRI于2017年2月资助了ENCODE(ENCODE 4)的第四阶段以继续并扩展它的工作是了解人类和小鼠的基因组。

ENCODE 4旨在通过研究更广泛多样的生物样本(包括与疾病相关的生物样本)以及采用以前未在ENCODE中使用的新型分析来扩展人类和小鼠基因组中候选调控元件的目录。为了最大限度地利用研究社区对ENCODE数据的访问，所有数据都在没有受控访问的数据库中共享。所有新获得的人类生物样品均同意不受限制的数据共享。为了研究ENCODE编制的候选调控元件的生物学功能，ENCODE 4中增加了一个新的功能元素表征组件。

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