如果Little Orphan Annie在Daddy Warbucks的豪宅里有一台DNA测序仪，那么她可能会先对蜥蜴的基因组进行测序，看看它为什么会跳跃。并且，她可能有兴趣发现蜥蜴基因组的某些元素是活跃的，移动的，是的，仍然是跳跃的。

这就是研究人员通过分析第一只蜥蜴(北美绿色anole)的基因组所发现的。结果发表在8月31日的Nature杂志在线出版物上。这项工作由哈佛大学和麻省理工学院的研究人员领导，该研究所得到国家人类基因组研究所(NHGRI)的部分支持，该研究所是美国国立卫生研究院(NIH)的一部分。

“由NHGRI支持的研究人员对从鸭嘴兽到灵长类动物的二十多种动物进行了测序和分析，揭示了导致哺乳动物基因组进化的基本过程，包括我们自己的基因过程，”Adam Felsenfeld，博士，程序说。 NHGRI大规模基因组测序计划主任。“不同动物如绿色蜥蜴蜥蜴的基因组之间的比较揭示了保守的特征，这反过来说明了基因组的哪些部分可能起作用。”

北美绿色anole蜥蜴(Anolis carolinensis)，是美国东南部的土生土长的。它是第一个对其进行基因组测序和组装的非鸟类爬行动物。像哺乳动物一样，蜥蜴和鸟类是羊膜，它们产卵受到膜的保护。选择绿色anole是因为它可以提供人类，哺乳动物和它们的爬行动物对应物的基因组如何进化的见解，因为哺乳动物和爬行动物在3.2亿年前分道扬..

研究人员发现，大约30%的绿色anole基因组由移动元素组成，这些元素是基因组进化的驱动因素。这些元素具有不安定的生活方式，经常从一条染色体穿梭到另一条染色体，并在此过程中为基因组创新做出贡献。在人类中，许多这些所谓的“跳跃基因”已经失去了跳跃能力，但它们仍在积极地跳入极地蜥蜴。

“Anoles有一个活的转座因子库，”该论文的共同第一作者，马萨诸塞州剑桥Broad研究所脊椎动物基因组生物学研究科学家JessicaAlfödi说，“在anoles中，这些转座子仍在跳跃周围，​​但是进化已经将它们用于自己的目的，将它们变成人类的功能。“

研究人员将这些移动元素与人类基因组结合起来，发现人类基因组中近100个移动元素来源于哺乳动物的这些移动元素并且是保守的，这意味着它们可能具有一些重要的功能。它们大多数存在于人类基因组中不编码蛋白质的部分，并且可能具有调节基因的功能。其中一种在蜥蜴中移动的元素，在人类和蜥蜴的共同祖先中，现在被用作人类某些胚胎组织形成基因的重要组成部分。

绿色anole基因组包含大约17,500个蛋白质编码基因。在这些基因中，还有4,000种在人类，小鼠，狗，负鼠，鸭嘴兽，鸡，斑胸草雀和河豚中发现。

研究人员在anole的基因组中发现了许多与色觉有关的基因，蜥蜴依赖这些基因来识别选择配偶(某些物种的雄性和雌性在颈部下方显示出生动的彩色皮瓣，称为露珠)。分析表明，这些基因中的11种虽然存在于鱼类，青蛙甚至无脊椎动物中，但在哺乳动物的进化过程中已经丢失。

研究人员还能够创建绿色anole蛋中发现的蛋白质的零件清单。他们将绿色的anole蛋白质与鸡蛋中的蛋白质进行了比较。研究人员发现，蛋蛋白的进化速度比非蛋蛋白更快。

然后研究小组研究了anole基因组微染色体 - 有时在爬行动物(包括鸟类)，两栖动物和鱼类的基因组中发现的微小染色体，但从未在哺乳动物中发现过。与鸡基因组相比，绿色anole基因组包含12个微染色体，其具有28对。研究人员提出绿色anole和鸡之间共有的微染色体可能是在爬行动物的祖先中产生的，而其余的鸡微染色体可能来源于鸟类的进化。

此外，该团队最终确定了蜥蜴的性染色体 - 这是研究人员之前才能假设的。与哺乳动物一样，绿色肛门似乎有XX和XY染色体(与鸟不同，其中雄性有两个相同的性染色体称为ZZ，而雌性有两个不同的染色体称为ZW)。蜥蜴的X染色体被证明是其众多微染色体之一。

研究人员还观察到，自从anole和鸡分歧以来，在2.8亿年中发生了相对较少的大型染色体重排。相比之下，研究人员发现，在负载负鼠和人类基因组的1.48亿年间，发生了更多的染色体重排。

除了对人类和哺乳动物基因组的深入了解之外，anole lizard的基因组还提供了关于蜥蜴物种如何进化到大安的列斯群岛中的岛屿的线索。研究人员能够初步绘制出90多种蜥蜴物种如何进化到岛屿上的定位图。

就像达尔文的雀鸟一样，anoles适合填补岛屿所提供的所有生态位。有些蜥蜴腿很短，可以沿着狭窄的树枝走路; 其他颜色为绿色，大脚趾垫适合在树上生活; 其他人是黄色和棕色的，住在草丛中。但与雀类不同，不同岛屿上的蜥蜴独立进化了这些树枝，树冠和草栖物种的多样化群落 - 几乎相同的蜥蜴物种在伊斯帕尼奥拉岛，波多黎各，古巴和牙买加岛上平行进化。