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量子跃进基于质谱的蛋白质组学的可靠性

2019-01-11 11:18:06 • 来源：

现代质谱系统使科学家能够定期确定细胞或组织样本的定量组成。但是，不同的分析软件包通常会从相同的原始数据中产生不同的结果。由美因茨大学医学中心的Stefan Tenzer教授领导的国际研究团队现在解决了这个问题。在与全球领先实验室的国际合作框架内，该团队对各种分析软件包进行了比较和修改，以确保不同的软件解决方案能够产生一致的结果。世界各地的各种实验室都从这项工作中受益，使研究人员能够以标准化的方式分析或比较定量蛋白质组学分析的结果。这对于检测某些器质性疾病至关重要，如癌症，在早期阶段。Tenzer及其团队的成果现已发表在备受推崇的学术期刊上，自然生物技术。

量子跃进基于质谱的蛋白质组学的可靠性

当医生想要找到特定疾病的原因时，他们必须采集细胞或体液样本。然后通过现代的组学技术分析这些样品，该技术能够在大量样品中可重复地量化数千种蛋白质，以鉴定新的疾病生物标志物。对这些高度复杂的数据集的分析关键取决于专门的软件包。遗憾的是，不同的软件包有时会从相同的原始数据中提供不同的结果，从而使分析变得复杂。

这正是美因茨约翰内斯古腾堡大学(JGU)大学医学中心免疫学研究所的Stefan Tenzer教授及其团队开始解决的问题。“我们希望找到一种最佳比较样品的方法，即使不同的分析软件有时会产生偏差的结果，”Tenzer解释道。对于他的最新项目，他使用两个定义的样本，精确定义的成分比例。Tenzer团队的生物信息学专家Pedro Navarro博士和JörgKuharev博士开发了一种称为LFQbench的专业软件。这使得团队可以详细研究各种分析程序之间的差异。“使用LFQbench，我们能够证明各种程序提供的结果差别很大，”Navarro解释说。“ 仅这一发现对科学界有重大影响。但是我们已经进一步推进了项目：我们与各个程序的开发人员密切合作，使他们能够修改和改进他们的分析包，使他们现在能够产生高度收敛的结果，“Tenzer补充说。这拓宽了应用范围。质谱技术称为定量蛋白质组学。蛋白质组是由细胞表达的全部蛋白质。“这意味着未来，质谱将能够在基础研究和潜在的诊断工具中提供更多的益处，”Tenzer指出。

“这一发展代表了基于质谱的定量蛋白质组学的突破，并使这种方法作为用于诊断各种疾病(如癌症或过敏症)的标准程序变得越来越重要，”美因茨大学医学中心首席科学官强调说。 ，UlrichFörstermann教授。“我特别自豪的是，我们的研究人员正在开展具有如此重大影响的应用研究。”

在位于美因茨约翰内斯古腾堡大学(JGU)的免疫治疗研究中心(FZI)的技术平台“质谱和定量蛋白质组学”的支持下，取得了开创性的成果。“这一成功证明了在大学医学中心结合技术平台的不同专业领域的必要性。如果没有中央支持，现在几乎不可能取得这样的成就，”免疫学研究所所长HansjörgSchild教授说。 FZI协调员多年。

近年来，Stefan Tenzer教授和他在美因茨的团队对基于质谱的定量蛋白质组学技术进行了多项改进。这些方法可重复检测和量化细胞，组织或体液样本中的数千种蛋白质，使研究人员能够识别差异表达的蛋白质。“技术平台内的多年工作，尤其是国际联合项目，在基于质谱的定量蛋白质组学方面取得了巨大成功，”Tenzer总结道。

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