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研究人员组装了欧亚鲈鱼基因组

2019-03-11 10:37:38 • 来源：

在最近发表在科学杂志G3：Genes，Genomes，Genetics上的一项研究中，爱沙尼亚生命科学大学的研究人员与图尔库大学的同事合作，组装了欧亚鲈鱼基因组。它比人类基因组小三倍，但含有约10亿个核苷酸和超过23,000个基因。被调查的鲈鱼起源于Rapla县沼泽中部Loosalu湖的黑暗水域。研究结果使世界各地的科学家能够更好地了解自然选择的效果。

研究人员组装了欧亚鲈鱼基因组

欧亚鲈鱼是一种很常见的鱼类物种在爱沙尼亚和欧亚大陆。它的栖息地从不列颠群岛到俄罗斯远东地区。该物种可以在极端环境条件下生存并成功繁殖。因此，栖息地存在于贫营养的清水湖泊，波罗的海的咸淡水和酸性黑水沼泽湖泊中，其他鱼类无法生存。然而，尚不知道什么遗传机制有助于栖息地适应这种不同的生活条件。

鲈鱼是水体食物链中的重要环节。此外，条纹鱼对湖泊的甲烷循环产生巨大影响，通过改变食物链将湖泊的甲烷排放量减少近十倍。由于甲烷是比二氧化碳更有效的温室气体，因此鲈鱼在减少全球变暖方面起着重要作用。“这就是为什么理解沼泽湖中鲈鱼的适应机制尤为重要的原因，那里的氧气含量很低(富含腐殖质)，甲烷排放量最高，而鲈鱼通常是唯一的鱼类，”鱼类学家说。 AntiVasemägi，瑞典农业科学大学教授，爱沙尼亚生命科学大学高级研究员，领导该研究。

根据Vasemägi的说法，组装的基因组是一个重要的里程碑。“与先前研究的鱼类相比，基因组具有很高的价值，因为我们使用了基于长DNA分子标记的创新方法，并确定了短序列的序列，”Vasemägi说。

该科学家说，应用的方法允许快速，相对便宜和精确地对大型基因组进行测序，在此期间将基因组匹配的极其困难的任务分成数百万个较小的谜题。因此，最终有可能进行涵盖不同鱼类全基因组的研究。Vasemägi补充说，掌握基因组大小的最简单方法是将其测量结果转化为人类。“如果你想象一个碱基对的长度是一毫米，那么鲈鱼基因组可以从塔尔图到达柏林，”他说，并补充说该研究小组的下一个任务是绘制基因组区域或路线上的公里帖子。塔尔图到柏林，含有自然选择的痕迹。

更重要的是，栖息地是一种重要的商业开发鱼类，也是休闲渔民中非常受欢迎的目标。它在欧洲的许多地方广泛种植。“对鲈鱼基因组进行测序使科学家能够绘制影响鱼类生长速度，达到性成熟的时间，抗病能力和其他重要水产养殖特征的基因组区域，”水产养殖主席Riho Gross教授说。爱沙尼亚生命科学大学。“对鲈鱼基因组进行测序将简化北美的类似研究，其中我们的栖息地的近亲，黄鲈(拉丁名Perca flavescens)很普遍。栖息于温带欧亚大陆最成功和最普遍的鱼类之一，“Vasemägi总结道。

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