深入了解病毒感染

一个成年人感染巨细胞病毒通常是无害的。然而,在怀孕期间,病毒可传播给胎儿,造成畸形。一旦病毒入侵人体细胞,他们开始生产大量的病毒蛋白。这包括超过500种蛋白质和肽,其中包括200年以前未知的科学。

这一发现是由一个新的生物信息学分析成为可能方法发达的病毒学Julius-Maximilians-Universitat维尔茨堡(JMU)在巴伐利亚,德国。Lars Dolken和弗洛里安·艾教授教授的团队在《自然》杂志上发表了他们的方法的方法。新技术与医学应用相关,因为知识的曲目病毒蛋白例如,用来逃避免疫系统抵抗感染或开发疫苗是至关重要的。

JMU开发允许捕获核糖体活动比以前更准确。蛋白质和多肽都聚集在细胞的大量的核糖体。在病毒感染,核糖体合成蛋白质需要复制的病毒。汇编指令是由特殊的信使分子,mrna。

研究人员要求:生产蛋白质和肽在细胞的核糖体,和在什么数量?这个概要文件如何改变由于病毒感染的压力吗?他们使用最先进的高通量测序方法解决这些问题,使用核糖体分析(Ribo-seq)。这些技术可视化核糖体的活动,所谓的翻译流程,定期模式。

“以前,很多误差源时常常阻止翻译事件的可靠检测分析Ribo-seq数据,”弗洛里安·艾说。更重要的是,在至少一半的mrna,短的开放阅读框架(sORFs)之前已知的开放阅读框(orf)。很难精确的测量数��,然而他们是一个重要的细胞调节机制尤其是处于压力之下的人更难免犯错。

新的生物信息学方法,称为价格,大大提高了翻译活动的识别。“我们的方法能够解决更复杂的情况下,例如重叠子或不寻常的起始密码子,精度高。这允许我们确定所有翻译领域全基因组与高精度第一次,”埃哈德教授解释道。

因此,JMU团队发现了各种新的细胞和病毒多肽。此外,研究人员发现数百sORF肽mhc i有效地呈现在细胞表面的分子。“sORFs因此编码抗原的一个新类可以被我们的免疫系统,”Lars Dolken说。”因此,我们假设sORFs参与免疫控制机制特别是在病毒感染和压力响应。”所有这些发现开辟新天地,以更好地理解的影响病毒感染在有机体。

价格对基础研究方法将有强烈的影响。Ribo-seq方法已经应用在几乎所有的领域近年来生物医学研究。“价格现在使我们能够分析所有现有的和未来的数据集在更大的深度和准确性大大提高,“Dolken说。他认为获得太大它证明再度重新分析所有先前发表的实验数据。

使这一切成为可能,维尔茨堡科学家提供了分析工具,开源软件在互联网上。他们认为他们的方法将在广泛的范围内使用,并成为国际标准分析Ribo-seq实验。他们写道,“我们确信,加强数据分析将提供基本的新见解在许多领域的生物医学研究。”

在病毒学,新方法可能有助于更好地理解巨细胞病毒。例如,我们仍然不知道为什么一个感染病原体导致严重损害在一些尚未出世的孩子,或者移植受者,而其他人则没有影响。

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