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新软件提高了对细菌病原体进行分类的能力

2019-01-19 10:28:19 • 来源：

华盛顿州立大学的研究人员开发了一种新的软件工具，可以提高科学家识别和了解细菌菌株并加速疫苗开发的能力。RepeatAnalyzer能够跟踪，管理，分析和编目细菌DNA 的短重复序列。研究人员使用该软件来描述边缘无形体(Anaplasma marginale)，这是一种影响牛的蜱传细菌，并在BMC Genomics期刊上发表了他们的研究成果。研究团队包括计算机科学专业学生Helen Catanese; Kelly Brayton，兽医微生物学和病理学系; 和Assefaw Gebremedhin，电气工程和计算机科学学院。

与许多类型的细菌病原体一样，A。marginale具有种类繁多的菌株，并且在地理上分布广泛，这使得疫苗开发具有挑战性。科学家使用短的重复序列DNA(称为重复序列)来了解细菌，其遗传和地理分布，并确定其有害程度。

但是对于A. marginale来说，研究人员发现了超过235个短重复的DNA序列。没有任何类型的数据库，研究人员不得不挖掘出版的文献来跟踪序列。Brayton说，手动完成任务也很容易出错。“我们精确地开发了RepeatAnalyzer以弥合这一差距，”Gebremedhin说。

他们为A. marginale开发了软件，但它可以扩展到具有相似重复DNA序列的任何其他物种。Catanese表示，它还提供了一个可视化工具，因此研究人员可以在世界地图上跟踪应变。“这种可靠的软件工具可以促进研究和合作，并加速发现疫苗，”Gebremedhin说。

她说，RepeatAnalyzer引起了极大的兴趣，而Brayton在南非和中国的合作者已经在使用它了。“这里有一些被忽视但根本不存在的东西，”Gebremedhin说，“最重要的是，它会帮助人们。当您拥有一个工具，正确的指标和分析时，您可能会发现以前可能不知道的事情。''

研究人员正致力于扩展软件以收集和处理其他细菌的类似数据集，以及扩展可视化和分析功能。

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