EDGE生物信息学为每个人带来了基因组学

一个名为Empowering the Development of Genomics Expertise(EDGE)的新生物信息学平台将通过允许具有有限生物信息学专业知识的用户快速分析和解释基因组序列数据，帮助实现基因组学革命的民主化。洛斯阿拉莫斯国家实验室的研究人员和他们在海军医学研究中心的合作者开发了EDGE，该文章在最近发表在Nucleic Acids Research上的一篇论文中有所描述。

“我们意识到，虽然下一代测序仪器正变得越来越普及，普通生物学家或医生也越来越容易获得，但处理和分析数据所需的生物信息学工具并不像用户友好或可访问，”洛杉矶的Patrick Chain表示。阿拉莫斯的生物安全和公共卫生组织和EDGE团队领导。“鉴于现在使用测序的大量应用，需要一个强大的生物信息学平台，其中包含了大量的算法，以帮助解决研究人员可能遇到的问题。我们寻求开发一个基于网络的环境，非生物信息学专家可以轻松选择他们需要的管道并快速获得结果并与他们的数据进行交互。“

阻止疾病的传播 - 来自自然发生或人为的威胁 - 需要深入了解病原体及其工作原理。为此，通过准确，快速地比较基因组数据来表征生物体的能力是洛斯阿拉莫斯国家安全使命的重要组成部分。

技术的进步推动了新的测序应用的发展，并将使用原始数据充斥当前数据库。许多因素限制了这些数据的使用，包括大量相关的软件和硬件依赖性以及执行此分析所需的详细专业知识。为了解决这些问题，Chain和他的团队开发了一个直观的基于Web的环境，在预先配置的工作流程中提供了各种各样的集成和开创性的生物信息学工具，所有这些工具都可以很容易地应用于分离基因组测序项目或宏基因组学项目。

EDGE是一个用户友好的开源平台，集成了数百种尖端工具，有助于将数据分析时间从数天或数周缩短至数分钟或数小时。EDGE中的工作流程及其易用性为新手下一代测序用户提供了只需点击几下鼠标即可执行许多复杂分析的功能。该生物信息学平台被描述为一项初步尝试，旨在促进基因组学的发展，正如其名称所示，它可用于微生物研究中的广泛应用。

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