通道鲶鱼基因组的第一个测序

名为“Coco”的鱼位于任何鲶鱼物种的第一基因组序列的中心。鲶鱼是重要的膳食蛋白质来源，是世界上第三大养殖鱼类。虽然已知有超过2,500种鲶鱼存在，但斑点鲶鱼在美国水产养殖中占主导地位，占鱼类和海产品产量的60%以上。根据美国农业部国家农业统计局的数据，2015年美国鲶鱼种植者的产量销售总额为3.61亿美元，比上年增长3%。

位于密西西比州斯通维尔的农业研究服务(ARS)温水养殖研究单位(WARU)的研究帮助鲶鱼生产者改善其产品的质量和数量。最近，一个由WARU分子生物学家Geoff Waldbieser和奥本大学科学家John Liu领导的团队为斑点鲶鱼制作了第一个基因组序列组装。它也是任何类型鲶鱼的第一个。

细胞中DNA的总补体称为“基因组”，鲶鱼基因组就像说明书一样，包含制作和“操作”每条鱼所需的信息。鲶鱼基因组序列组装使科学家能够阅读每只鲶鱼的使用说明书，并寻找使一些动物生长更快或更好地抵抗疾病的差异。

Waldbieser使用一种称为“雌核发育”的特殊育种技术来生产基因组供体Coco，因此她含有两个类似DNA的其他动物 - 除了两个拷贝完全相同。

“我在Coco Chanel之后命名她，因为她是第1频道，”Waldbieser说。

Waldbieser与位于Stoneville的基因组学和生物信息学研究部门以及马里兰州Beltsville的Bovine功能基因组学实验室的ARS科学家合作，从Coco的DNA中产生了大约8亿个DNA序列。

“这些序列就像拼图一样。在64个处理器的计算机工作站上花了2个月来对齐它们并产生基因组装配，”Waldbieser说。

Waldbieser和WARU遗传学家Brian Bosworth最近使用Coco的基因组来鉴定Delta Select系列中单个鲶鱼之间DNA序列的变异 - 一种改进的鲶鱼系在WARU开发供农民使用。“现在我们知道DNA序列中遗传变异的位置，我们将能够分析不同个体鲶鱼遗传的基因组的不同部分，”Waldbieser说。“我们可以识别这些细分，将它们传播给我们的鱼群，并改善农民的肉类生产和生产效率。”

Waldbieser补充说，这很重要，因为提高鲶鱼的生长速度，鱼片产量，肉质和抗病能力将使养鱼户受益匪浅。

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