支持西非埃博拉病毒爆发反应的陆军科学家已经在利比里亚建立了第一个基因组监测能力，使他们能够在采集样本的一周内监测病毒的基因变化。最近在网络版“ 新兴传染病”上发表了一篇描述他们工作的文章。

在本文中，研究小组根据2014年9月至2015年2月获得的25株利比里亚分离株的基因组重建结果，对导致埃博拉病毒 Makona 进化的潜在影响进行了简要评估，该菌株是造成当前疫情的菌株。

这些序列与向利比里亚的单次病毒导入是一致的。但是，根据资深作者古斯塔沃·帕拉西奥斯(Gustavo Palacios)博士的说法，与来自马里的分离株有共同的血统，表明至少有另外一种迁入或迁出利比里亚的事例。疾病(USAMRIID)。

据第一作者杰弗里·库格曼(Jeffrey Kugelman)博士称，到目前为止，埃博拉病毒Makona基因组测序的工作一直受阻于将样品送回美国进行分析所需的时间。

USAMRIID的病毒遗传学家Kugelman说：“这发生的速度还不够快。” “我们需要几天而不是几周或几个月的答案。”

Kugelman最近从利比里亚返回，在那里他花了四个月的时间在利比里亚生物医学研究所(LIBR)建立了基因组学实验室。建立了实验室，这是LIBR和USAMRIID之间的合作，旨在表征埃博拉病毒基因组，以评估诊断和治疗靶标的侵蚀，并为在利比里亚工作的科学和公共卫生界提供病毒基因组信息。

这组作者说，实时评估病毒的变化对于确定这些变化是否可能对诊断和治疗产生影响至关重要。

他们指出：“变化的速度通常与先前对突变率的估计一致。” “我们观察到的六种变化都在基于序列的埃博拉病毒医学对策的已知结合位点内。但是，目前利比里亚内埃博拉病毒进化对诊断和治疗的影响似乎很低。”

帕拉西奥斯说，如果没有在利比里亚建立基因组监测实验室，该研究小组的工作就不可能实现。他强调，在未来病毒爆发期间，全球测序能力必须作为第一反应的一部分。

Palacios说：“对于这种类型的病毒感染，具有这种能力是绝对必要的。” “能够帮助建立感染线...能够在诊断和治疗中寻找靶标侵蚀...所有这些都很重要。”

据库格尔曼说，USAMRIID在将实验室能力转移到现场的经验非常宝贵。

库格尔曼说：“由于美国核磁共振研究所，海军和美国国立卫生研究院去年建立了埃博拉病毒诊断能力，我们已经与LIBR建立了工作关系。” “而且由于诊断实验室已经在从患者样本中提取核酸，因此我们知道我们将能够使用这些分离物进行测序研究，而无需考虑其他生物收容措施。”

Kugelman说，在进行设置之前必须获得数项批准，并且团队在操作实验室方面面临许多后勤方面的挑战。电力必须由发电机提供，互联网功能必须通过卫星提供，并且仪器(Illumina MiSeq测序平台)需要纯净水才能运行。Kugelman还必须完成为期两周的培训计划，才能成为Illumina认证的技术人员，以便他可以在现场对该仪器进行必要的维修。

库格尔曼说：“排序过程大约需要三天，因此电源故障或燃料短缺会使该过程更加复杂。” “但这是一个功能完备的基因组学实验室，而我们能够将下一代测序技术应用于暴发地区这一事实产生了相当大的影响。”

Palacios说，既然已经建立了LIBR的基因组学中心，它将支持全国范围内的监视项目，以调查水库动物和疾病的昆虫媒介，以查明潜在威胁。此外，该中心将支持对来自未知来源的严重疾病患者的样本进行持续评估，为西非提供重要的公共卫生资产。过渡的关键是Suzanne Mate博士，他目前是利比里亚USAMRIID的基因组学实验室负责人。

Mate和她的同事正在与公共卫生官员紧密合作，以了解埃博拉病毒病的传播，将流行病学报告和从患者样本中提取的病毒核酸的基因组监测合并到一条传播链中。LIBR新建立的基因组学实验室在帮助追踪利比里亚最近的埃博拉病毒感染病例的来源方面发挥了作用，据报道这与与EVD幸存者的性接触有关，如该杂志5月1日发表的文章所述。发病率和死亡率每周报告。针对此案例报告，

埃博拉病毒在人类和非人类灵长类动物中引起严重的出血热，死亡率很高，并且继续在新的地理位置出现，包括迄今为止最大的爆发地点西非。根据世界卫生组织的数据，在几内亚，利比里亚和塞拉利昂已报告了超过26,500例确诊，可能和疑似病例，报告死亡人数超过11,000。

USAMRIID的使命是提供先进的医疗能力，以威慑和防御当前和新兴的生物威胁因子。该研究所作为美国国防部减少威胁局化学与生物防御联合科学技术办公室的首席军事医学研究实验室，发挥着关键作用。USAMRIID是美国陆军医学研究与装备司令部的下属实验室。