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Allen Cell Explorer 数据门户为人类干细胞提供了前所未有的视角

2018-12-29 11:06:03 • 来源：

艾伦细胞科学研究所今天宣布推出Allen Cell Explorer：一种独一无二的门户和动态数字窗口进入人体细胞。该网站结合了大规模的3D成像数据，深度学习的第一个应用，创建细胞组织的预测模型，基因编辑的人类干细胞系和一套不断增长的强大工具。Allen Cell Explorer将成为Allen Institute for Cell Science创建和共享的这些和未来可公开资源的平台。

Allen Cell Explorer 数据门户为人类干细胞提供了前所未有的视角

“细胞非常复杂，有数千个移动和相互作用的部分共同作用，驱动和调节细胞结构和行为，”艾伦细胞科学研究所执行主任Rick Horwitz博士说。“我们非常高兴能够推出Allen Cell Explorer网站，并与全球科学界分享我们的细胞，令人难以置信的图像数据，预测模型等。”

“Allen Cell Explorer对人体细胞的组织进行了非凡的观察”艾伦研究所总裁兼首席执行官Allan Jones博士说。“艾伦细胞科学研究所提供的这些免费工具的第一部分遵循我们的遗产，从艾伦脑科学研究所和艾伦脑图谱开始，创建和分享强大的开放科学工具，推动全球创新。 “

集成细胞模型是Allen Cell Explorer发布的特色组件，是第一个应用深度学习技术预测人类干细胞组织的模型。为了创建该模型，研究人员在数千个高质量人类干细胞图像上训练了一个计算工具，以了解其组成部分的组织方式。该网站目前展示了集成细胞模型对细胞组织的预测与实际图像数据之间的比较，证明了该模型预测的令人印象深刻的准确性。模型的未来迭代还将允许用户以三维方式生成和探索这些虚拟单元。

“这是研究人员第一次使用深度学习来尝试理解关于实际细胞如何组织的难以捉摸的问题，”霍维茨说。“我们在教科书中依赖的漫画，基于艺术家对来自相对较少数量的细胞的数据的解释，最终将被来自非常大量细胞的数据驱动模型所取代。”

门户网站上的另一个工具3D Cell Viewer可以在线访问三维可视化的最大公众可用的人类干细胞集合。用户可以查看和操作数千个基因编辑的细胞，并探索其细胞内组织的惊人变异性 - 甚至可以在网络浏览器中直接在彼此克隆的细胞中，或通过将数据下载到他们的桌面。

Allen Cell Explorer还包括使用最先进的生物工具。细胞目录包含Allen Institute基因编辑的人类干细胞系的详细信息和质量控制措施，作为Coriell Cell Repository的Allen Cell Collection的一部分，可供社区使用。为了让更多的研究人员能够利用基因编辑的力量，可以通过Addgene获得用于创建线条的质粒和如何使用它们的说明。

“对于Allen Cell Explorer的推出，最令我兴奋的事情之一是它如何使用与人类生物学相关的细胞，而不是现代生物医学研究所必需的培养细胞，”Anne说。 E. Carpenter，博士，哈佛大学和麻省理工学院成像平台主任。

“作为一个整体，这个公开的门户网站将使研究人员能够提出关于细胞变异性的重要新问题，以及它们在生长，分化和应对药物时如何变化，”霍维茨说。“作为一个社区，我们可以应用和扩展这些工具，在细胞生物学领域实现跨越式发展，并对我们对人类健康和疾病的研究产生重大影响。”

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