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新的软件工具简化了DNA序列设计和构建过程

2019-01-02 10:21:34 • 来源：

合成DNA使科学家们能够扩展其基因组研究的广度和深度。在这项研究中，来自美国能源部联合基因组研究所(DOE JGI)的研究人员开发了一套构建优化软件工具(BOOST)，以简化合成生物学工程工作流程中的设计 - 构建过渡。BOOST可以自动检测“难”序列(核苷酸)并重新设计它们用于DNA合成，解决具有某些问题特征的DNA序列(例如，极端%GC，序列模式和重复)，这降低了DNA合成的成功率。

新的软件工具简化了DNA序列设计和构建过程

通过增强工具改进合成DNA 的设计和制造，科学家们可以加速基因发现和基因表征，以实现能源和环境的实际应用。

设计和制造合成DNA的能力为基因组研究开辟了巨大的可能性。除了提供难以发现的样品(以及制作自然界中未知的基因组序列)之外，制造DNA还使科学家能够在各种环境和环境中测试任何序列。BioCAD / CAM软件工具可帮助研究人员设计对于发现能源和环境的新解决方案至关重要的序列，但到目前为止，该软件还无法自动修复有问题的序列。这减缓了从设计到制造过程的过渡，延迟了设计DNA的合成。

为了解决这个问题，美国能源部科学用户设施办公室DOE JGI的研究人员开发了一套构建优化软件工具(BOOST)来自动化合成DNA设计过程 - 并取消了试错过程科学家们目前利用它来确定可以合成的序列。

“BOOST的目标是以可扩展的方式简化设计易于合成的DNA片段的过程，”该团队在2016年12月6日发表于ACS Synthetic Biology的论文中写道，该论文详述了BOOST的功能。这套工具可用作Web应用程序，可执行的JAVA Archive(JAR)以及RESTful API。最终，这将加速合成DNA的使用，以探索与DOE能源和环境任务相关的基因功能。

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