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计算方法使基因表达分析更准确

2019-01-02 11:30:01 • 来源：

一种新的计算方法可以提高基因表达分析的准确性，基因表达分析越来越多地用于诊断和监测癌症，并且是基础生物学研究的主要工具。来自卡内基梅隆大学，斯托尼布鲁克大学和Dana-Farber癌症研究所的研究人员表示，他们的方法叫做Salmon，能够纠正RNA测序过程中已知会发生的技术偏差，或RNA-seq，这是估算基因的主要方法表达。此外，它的运行速度与其他快速方法相似 - 这是一个关键因素，因为这些测试越来越普遍和众多。

计算方法使基因表达分析更准确

他们的报告将于3月6日由Nature Methods杂志在线发表。CMU计算生物学系副教授Carl Kingsford表示，Salmon源代码可在线免费获取，已被数千名用户下载。

“鲑鱼提供了更丰富的RNA-seq实验模型以及已知在测序过程中可能存在的偏差，”Kingsford说。他补充说，这很重要，因为这种技术越来越多地用于分类疾病及其亚型，了解发育过程中的基因表达变化以及跟踪癌症的进展。

尽管有机体的基因组成是静态的，但个体基因的活性随时间变化很大，使基因表达成为理解生物体如何发挥作用以及在疾病过程中发生的事情的重要因素。基因活性不能直接有效地测量，但可以通过监测RNA来推断，RNA是从基因产生信息的分子，用于产生蛋白质和其他细胞活动。

RNA-seq是生成这些基因活动快照的领先技术。但是，根据被分析的组织和每个样本的制备方式，可能会出现各种实验偏差，导致RNA-seq“读取”从各种基因中过度采样或采样不足，Kingsford说。“尽管我们知道可能发生的许多偏见，但必须逐个样本地进行建模，”他补充说。“如果你必须使用传统方法建立一个复杂的偏见模型，那需要很长时间。”

研究人员将这种方法命名为一种着名的上游游泳鱼，因为它采用的算法可以估算偏差的影响和基因的表达水平作为实验数据流。“以这种方式，它能够建立一个丰富的偏见​​模型，并且大致与其他快速分析工具一样快，”Kingsford说。

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