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新试剂盒可帮助研究人员了解质谱细胞计数据集以发现细胞亚群

2019-01-03 15:49:17 • 来源：

新的软件包可以更容易地分析和解释使用质谱法的实验，这是一种确定细胞特性的复杂方法。这种名为cytofkit的工具使科学家能够识别免疫细胞，癌细胞或其他组织类型样本中不同的细胞亚群。流式细胞术仍然是需要单细胞分辨率的生物学研究的首选方法。但是，由于该技术依赖荧光标签来检测细胞内的不同标记，因此在光信号开始相互渗透之前，只能应用有限数量的标记。

新试剂盒可帮助研究人员了解质谱细胞计数据集以发现细胞亚群

质量细胞计数有助于解决这个问题。通过使用金属标记，该技术使科学家能够在单个细胞内同时测量更多特征。但是，对其生成的所有数据进行分类可能具有挑战性，大多数研究人员认为需要更好的分析工具。

Jinmyo Chen和她在A * STAR新加坡免疫网络的同事根据这一需求制作了cytofkit。该软件包结合了最先进的生物信息学方法和内部新颖算法，帮助任何人理解质谱细胞数据。“它提供了一个非常用户友好的图形界面和分析结果的交互式可视化，”陈说。“任何人，包括基因科学家和非生物信息学家，都可以在没有任何培训的情况下使用它。”

该软件包括四个主要步骤：首先，cytofkit根据用户的规范进行数据预处理; 第二，软件自动识别不同的细胞匹配子集; 第三，它允许用颜色标记的细胞类型可视化数据; 最后，它推断出细胞群之间的相关性。

Chen的团队测试了该工具在从白细胞样本中收集的质谱结果的性能。正如他们在PLOS计算生物学中所报告的那样，该软件正确地识别了已知的细胞亚群，并进一步分离了这些子集以揭示其他细胞类型。与A * STAR免疫学家Evan Newell合作，研究人员还发现cytofkit揭示了许多类型的血液和扁桃体滤泡辅助T 细胞。此外，Chen说，“我们已经在本文未提及的大量其他数据集上测试了cytofkit的效用。”

Cytofkit也越来越受到全世界科学家的欢迎。“它现在有超过4,000名用户，”陈说。她的实验室继续改进和升级工具以响应用户反馈。

该软件同时适用于流动和质谱数据集，可通过生物学家的开源软件框架Bioconductor免费获得。在这里能找到它。

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