研究人员展示了可以品尝DNA的新技术

诺丁汉大学的科学家们首次证明，可以实时选择性地测序DNA片段，大大减少了分析生物样本所需的时间。今天发表在学术期刊“ 自然方法 ”上的一篇论文描述了一种新的高选择性DNA测序技术，称为“Read Until”。该方法与实时纳米孔测序一起使用，使用户能够仅分析含有预定目标特征的DNA链。

大学生命科学学院细胞与发育生物学研究小组的Matt Loose博士一直在与生物技术公司Oxford Nanopore Technologies生产的新型便携式DNA测序技术MinION合作。所有测序均在诺丁汉大学下一代测序设施DeepSeq中进行。

“这是第一次在任何设备上直接选择特定的DNA分子，”Loose博士说。“我们希望它能够实现许多未来的新型应用，特别是便携式测序。这使得测序尽可能高效，并将提供一种可行的，基于信息的替代传统湿实验室浓缩技术。这种方法应用于大量从病原体检测到人类基因组靶向区域测序的问题现在已经触手可及。“

口袋大小的MinION设备 - 与美国国家航空航天局最近发送给国际空间站的技术相同，旨在研究微重力下是否可以进行DNA测序 - 在膜中使用微小的分子孔，“感知”DNA片段通过的序列这些纳米孔在电流迹线中产生微小的波动。然后需要使用基本调用软件(通常位于云中)将这些称为“波形”的当前痕迹转换为DNA碱基。通过这一步骤，诺丁汉大学的团队使用信号处理技术将这些曲线映射到参考序列。

在论文中，诺丁汉团队走得更远，表明这种波浪形匹配技术的执行速度可以决定在完全通过纳米孔之前对正在测序的DNA片段做出决定。根据序列，可以指示MinION中的单个纳米孔继续测序或弹出当前的DNA片段并开始测序另一个。诺丁汉研究小组表明，这种“实时选择性测序”，或者有些人称之为'DNA品尝'，可以减少对关键DNA片段进行测序所需的时间，或者能够分析存在宿主和其他DNA的病原体样本。在样本中。

通过应用动态时间扭曲以将短查询当前迹线与参考匹配来展示Read Until方法/技术，展示小基因组的特定区域的选择，来自一组靶标的单个扩增子，或一组中扩增子的标准化。

郑重声明：本文版权归原作者所有，转载文章仅为传播更多信息之目的，如有侵权行为，请第一时间联系我们修改或删除，多谢。