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Human Cell Atlas数据平台在CZI的支持下启动

Chan Zuckerberg Initiative(CZI)宣布为人类细胞图谱提供资金支持,该图谱使用测序技术重新定义体内的每个细胞。来自CZI的资金和工程支持将使欧洲生物信息学研究所(EMBLEBI),Broad研究所和加州大学圣克鲁兹基因组学研究所(UCSC)能够建立一个开放的,基于云的数据协调平台,以检查,分享和分析产生了大量不同的信息。

Human Cell Atlas数据平台在CZI的支持下启动

新解剖学

在过去的二十年里,分子生物学已经取得了很大进展,科学家认为现在是时候从最小的单位 - 细胞开始重新思考人体解剖学。由Broad研究所和Wellcome Trust Sanger研究所领导的人类细胞图谱旨在通过创建一个新的,开放的,可访问的健康人体参考图来做到这一点。

“解剖学教科书现在通过根据事物的外观和功能来分配意义来设计。现在,我们使用分子工具来描述器官和组织中发生的事情,并获得更深入的解剖学观点。这就是人类细胞图谱,“EMBL-EBI研究组组长John Marioni博士和EMBL-EBI数据协调平台指导小组负责人解释说。

这项国际合作正在使用RNA测序技术以全新的方式定义细胞。这种高度特异性,基于测序的健康人体功能参考将对生物医学研究具有变革性。

有一点是肯定的:它将意味着大量的数据。

透明度和转型

“地图集的规模将在数以千万计的数据集中,”Wellcome Trust Sanger研究所细胞遗传学负责人兼人类细胞图谱联合负责人Sarah Teichmann博士说。“互操作性和透明性对于保持这么多活动部件的运行至关重要 - 我们从彼此协作的长期经验中了解到这一点。我们从一开始就将数据架构设计为开源和模块化。这将使其更容易供其他人使用并在将来添加到Atlas。“

新的基于云的管道将允许Human Cell Atlas合作伙伴上传他们的数据集,共同分析它们,并有意义地比较健康和患病组织。它将把生命科学合作转向云技术,包括Open Stack,Google和Amazon Web Services。

“这个新数据平台的规模和范围将要求学术界和工业界的信息学和基因组学专家之间进行大规模的合作,”Chan Zuckerberg Initiative的科学总裁Cori Bargmann说。“这就是为什么我们很高兴将三个世界领先的基因组学,信息学和数据共享机构聚集在一起,以建立这一重要的新资源 - 我们自己的软件工程师将帮助开发工具并促进合作。这是一个伟大的我们如何通过支持跨机构的合作以及以新的方式将科学家和工程师聚集在一起来帮助加速科学发展。

科学是全球性的

Human Cell Atlas研究人员生成的原始数据将在EMBL-EBI中存储和访问,流向美国的平台合作伙伴进行基于云的分析和注释,然后发送回EMBL-EBI,以便在公共档案中存储和共享,使其可供更广泛的世界使用。

“科学是真正的国际化,人体细胞图谱合作伙伴在各大洲工作的方式很明显,”EMBL-EBI主任兼全球基因组学和健康联盟主席Ewan Birney说。“每个合作伙伴都为生命科学建立必要的数据服务带来了丰富的经验.CZI不仅仅是为项目提供资金 - 他们还是一个亲自动手的合作伙伴。因此我们知道Atlas将以最好的工程设计。”

展望未来

麻省理工学院生物学教授,人类细胞图谱组织委员会联合主席Aviv Regev博士说:“这项贡献适用于全世界所有的生物医学科学家,因为人类细胞图谱将与大家分享。”“CZI的支持将帮助我们开始为世界各地的科学家建立一个数据平台,以查看和分析彼此的数据,并广泛和公开地分享他们的工作成果。这将激励其他人提出新问题,并授权他们找到答案。“

构建平台只是一项巨大工作的开始,需要很多年才能完成,在此期间技术将不可避免地发生变化。数据协调平台的下一步是规划新兴技术,如生物成像,以及长期维持公共资源。

为什么Human Cell Atlas很重要?

“想象一下,如果像我一样,你的视力有些受损,你一生都在模糊地看待事物。然后有一天,有人给你戴眼镜,你突然能够看到世界的细节之美:路牌上的字母, HCA就像那副眼镜一样。它可以让科学家以更高的分辨率更清晰地看到生物学。直到我们能够看到以这种清晰度驱动健康和疾病的过程,我们不会我们需要了解它们,以便开发有效地作用于它们的药物。“- Aviv Regev博士,Broad研究所所长,麻省理工学院生物学教授,人类细胞图谱组织委员会联合主席。

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