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全面的DNA甲基化研究确定了皮肤黑色素瘤的新的进展相关和预后标志物

2019-01-02 19:24:08 • 来源：

随着越来越多的光照在癌症的分子领域，遗传和表观遗传变化的结构正在暴露。表观基因组改变与转录后水平的基因表达的修饰相关，而对遗传密码本身没有任何改变。在BMC医学中发表的这种全基因组表观遗传学研究中，我们提供了皮肤黑色素瘤发生和发展过程中发生的破坏甲基化模式的全面概述。

全基因组甲基化分析

甲基化是一种天然过程，主要发生在构成DNA的四个“字母”或碱基之一上。化学甲基的修饰通常靶向DNA碱基胞嘧啶。该过程称为甲基化。这种改变可以打开或关闭基因，从而以完全相同的DNA序列影响肿瘤细胞的转化和侵袭性。

这些“通断开关”及其相关甲基化模式的映射可以保持对具有良性与更具侵袭性的肿瘤类型的患者进行分层的预后能力。

我们的研究比较了皮肤黑色素瘤发展和进展过程中改变的甲基化谱。恶性黑色素瘤的发展从良性痣开始进入原发性黑色素瘤，最后是侵袭性转移，导致继发性恶性肿瘤远离癌症的初始原发部位并恶性扩散到全身。

具体而言，我们在这三个不同阶段绘制了全球甲基化谱。这使我们能够深入研究这三个不同阶段的多步转化过程，并证明在肿瘤起始，侵袭性和转移过程中基因甲基化的重要性。

为了确定这些差异甲基化基因对基因表达的功能意义，我们交叉检查并匹配公开可用的基因表达数据集及其相关的位点特异性样品和进展阶段。该询问显示差异表达基因与其相关甲基化模式之间的反射表达模式，再次表现出基因表达与其甲基化状态之间的重叠和显着性。当功能性地对这些差异甲基化基因进行分类时，鉴定了涉及细胞/组织极性和细胞 - 细胞粘附的某些中枢黑素瘤和转移相关途径。

签名验证：黑色素瘤生存特征

观察基因表达特征的最新进展已经导致开发了预测患者结果被引入市场的测定。这些新型测试越来越多地用于各种癌症类型，以帮助临床医生选择最佳的治疗方案。类似地，尽管处于表观基因组水平，我们能够鉴定与患者存活相关的DNA甲基化标记，即预后相关性。

蛋白质表达的预后价值

最后，我们通过免疫组织化学检查了蛋白质水平上几种差异甲基化基因的表达。这提供了关于独立黑素瘤患者群组的预后信息，因此为临床效用提供了额外的机会。

这些结果反映了通过差异甲基化模式(“通断开关”)在辅助从良性痣到原发性肿瘤病变到转移性扩散的转化过程中调节表观基因组的重要性。重要的癌症相关途径有助于从无害的良性状态转变为更具攻击性的表型。通过基于DNA甲基化的生物标记物跟踪这些变化的能力提供了改善和促进传统组织病理学参数(例如肿瘤厚度，有丝分裂指数或溃疡)的分层能力的机会。

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