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用于再生研究的新版RNA-Seq

2019-03-28 09:29:42 • 来源：

来自植物(如枝或叶)的组织可以生长，形成一种全新的植物。这种再生能力是食品生产和未来医学的梦想，负责植物再生的基因可以提供对具有相同潜力的人类基因的见解。一项新的研究上周发表核酸研究已经呈现单细胞RNA测序的新版本改进的再生研究(scRNA-SEQ)称为单细胞的数字基因表达(1cell-DGE)。

用于再生研究的新版RNA-Seq

到目前为止，几乎所有的scRNA-seq方法都依赖于从单个细胞中获得RNA，该细胞在酶和机械上与生物体中的组织分离。然而，大部分细胞行为取决于细胞如何与其他细胞相互作用。

“位置信息在细胞行为中非常重要，因为接触细胞会相互发送信号。这些信息可能会在隔离过程中丢失，“NAIST的第一作者Minoru Kubo解释道。

该位置信息对于决定哪些细胞开始再生以及哪种细胞不在细胞样品中具有重要意义。因此，研究人员设计了一种方法，在这种方法中，他们可以从完整组织中的个体活细胞中提取含有RNA的细胞核，而不会影响位置信息。

“我们使用这些数据来计算伪时间，”久保解释道。“Pseudotimes基于基因表达谱估计细胞发育和分化之间的转变。”为了验证1cell-DGE，科学家将其应用于Physcomitrella专利，这是一种苔藓植物，其再生特性已得到很好的证实。Kubo及其同事使用商业显微操纵器从切除的叶子中的单个细胞中提取含RNA的细胞核，然后使用独特的分子标识符制备cDNA文库以标记用于1cell-DGE分析的原始RNA。使用这种技术，他们在切除后立即从一组细胞中观察RNA，然后在一天后从另一组细胞中观察。

伪时分析显示，24小时负责再生的几个基因的表达可以分成两组，表明细胞再生能力的异质性。

“不同的再生标记可以反映叶片切除中细胞的位置，”Kubo指出，证明了1cell-DGE保留位置信息及其对研究再生的重要性。

在这个阶段，提取RNA的显微操作必须手动完成，但Kubo认为自动化这一步骤可以使1cell-DGE成为研究基因表达依赖于细胞位置的标准工具。

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