通过数据挖掘使基因簇识别变得容易

更新的Web服务器将改进遗传材料的分析。这将有助于研究人员优化细菌，用于工业生产新型抗生素，维生素和食品相关化合物。

核糖体合成和翻译后修饰的肽(RiPPs)是一组多样的生物活性细菌分子，由于其巨大的治疗应用潜力，最近引起了很多关注。尽管它们似乎并不熟悉，但在过去的几十年中，细菌素(一种这样的分子)已在食品工业中得到广泛应用。例如，乳酸链球菌肽(一种具有抗菌特性的细菌素)被用作乳制品，罐头食品和腌制肉类中的食品生物防腐剂。近年来，其应用也已扩展到生物医学领域。

为促进RiPPs和细菌素的研究，欧盟Rafts4Biotech项目部分支持的科学家团队展示了最新版本的基于网络的软件工具BAGEL。该团队最近在Nucleic Acids Research上发布了BAGEL4Web服务器的功能。正如文章中所解释的那样，挖掘网络服务器可能有助于“查明观察到的抗菌活性的遗传起源，从而确定相关的化学结构”。这涉及使用数据挖掘技术和算法直接从Web提取信息的过程。

研究人员表示，BAGEL4是一种网络服务器，“使用户能够识别和可视化参与RiPPs和(未修饰的)细菌素生物合成的原核DNA中的基因簇。”它的输入也可以用核糖核酸测序数据扩展。“整体BAGEL4已经更新并扩展了新功能;它的用户更友好，并提供可靠，快速和方便的细菌素和RiPPs的开采。”

Rafts4Biotech成立的目的是克服与细菌相关的生物技术过程中的一些挑战。正如项目网站所述，“这些微生物在苛刻的工业条件下的表现受到一些化合物的毒性以及细菌细胞内发生的复杂代谢相互作用的限制。”

Rafts4Biotech的战略依赖于“将这些化合物的生产限制在称为脂筏的微生物膜的特定区域。这些最近发现的区域提供了理想的环境，以避免干扰细菌代谢和活力，从而提高生产力。”

该项目涵盖的案例研究之一侧重于生产新一代有效抗生素以抵抗抗感染。“Rafts4Biotech将应用筏技术开发高附加值的抗菌药物，这些抗菌药物通常由于其毒性而无法生产。”在β-胡萝卜素和维生素A和B的生产中也将采用相同的技术 - 通过可在较低温度下运行并且需要较少能量的可持续生物过程替代基于化学的生产。另一个案例研究涉及控制和消除食品和饮用水污染物，如三氯丙烷，一种用作清洁剂和脱脂剂的工业溶剂。

在Rafts4Biotech网站上的采访中，项目协调员DanielLópez详细解释了脂筏：“任何细胞膜都是由脂质组成的，它们根据它们的物理化学性质聚集。像油和水不混合，特定的脂质保持在一起形成液滴或结构域。这些脂质簇嵌入膜蛋白调节它们的功能。“这种特殊的膜结构称为脂筏。“膜中的蛋白质就像汽车中的马达，它们需要合适的油才能发挥作用，膜中的脂质就像这种油一样，确保它们聚集的蛋白质能够正常运作。”

Rafts4Biotech(用于优化工业生物过程的合成细菌脂筏)项目结合了合成生物学，系统生物学和数学建模方面的不同专业知识，将其技术转化为市场应用。

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