叶绿体基因组序列苦甜

关于质体组织和进化的信息对于改良作物植物和解决光合生物的系统发育至关重要。最近赫尔辛基大学芬兰自然历史博物馆的研究人员对一种名为苦甜(Solanum dulcamara)的杂草的质体基因组进行了测序。

第一个完整的plastome核苷酸序列于1986年发表于茄属植物(茄科)的烟草(Nicotiana tabacum L.)。这个具有重要经济意义的大型多样植物家族包含着名的作物和观赏植物，如马铃薯，番茄，茄子和矮牵牛花。在PLoS ONE发表的研究中，赫尔辛基大学芬兰自然历史博物馆(LUOMUS)的研究人员对苦甜(Solanum dulcamara L.)的质体基因组进行了测序，为叶绿体工程提供基因组资源。它是一种在芬兰也常见的二倍体杂草，对由水霉菌(卵菌)致病疫霉引起的最重要的马铃薯病晚疫病具有抗性。

研究结果比最初的想法更重要：

研究PéterPoczai的研究负责人表示，“当我们试图将苦甜的plastome与其他茄属物种进行比较时，我们意识到它无法正常完成，因为基因组注释似乎包含了很多错误。”

该研究首次表明，这些错误是由于全世界使用的一种简单过时的软件造成的。结果，这些错误被复制并在遗传数据库中从一个序列传播到另一个序列。

“通过努力工作和手工编辑，我们已经纠正了所有茄科基因组的这些错误，这些基因组将苦乐参半作为茄属植物叶绿体比较基因组学的模型。由于大多数测序项目，一般来说，质体基因组学中注释错误的存在仍然存在。正在使用这个过时的软件，我们相信它需要被一个已经计划作为我们下一个前沿项目的更先进的工具所取代，“Ali Amiryousefi，Ph.D。LUOMUS的学生和该研究的第一作者补充说。

提出了一个新的祖先基因组假说

只有经过这些改进，LUOMUS小组才能最终对所有的夜间质体基因组进行比较分析，他们提出了祖先基因组的假设。通过这一点，他们能够证明结构重新安排与这个家庭更大的进化变化相吻合。常见杂草苦甜的质体基因组序列将有助于对夜间质体基因组注释进行基准测试，并可作为进一步研究的可靠参考。

“本研究是我们利用LUOMUS的活体温室和植物标本馆收集叶绿体基因组测序和研究开花植物多样性的研究的一部分。到目前为止，我们已经从我们的收集中测序了30个质体基因组，现在开始的第一批结果发表“总结Poczai。

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