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用于绘制疾病爆发基因组学的软件

2018-12-06 14:32:54 • 来源：

新的桌面应用程序可以实时显示病原体群体的基因组数据。该软件称为SVAMP(序列变异分析，图谱和系统发育)，可以根据原产国创建带有颜色编码分离株的图谱，并绘制寄生虫的系统发育树图。

“只要对爆发的样本进行测序，并且在映射到参考基因组后得到的数据可供软件使用，该软件可用于调查爆发，”阿卜杜拉国王科技大学的Arnab Pain说。沙特阿拉伯和该研究的高级合着者发表在Bioinformatics1期刊上。

用于绘制疾病爆发基因组学的软件

该程序使用两个先前公布的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)细菌和疟疾寄生虫恶性疟原虫的数据集进行测试。MRSA数据包含来自15个国家的63个MRSA分离株，而疟疾寄生虫数据包括来自非洲，东南亚和巴布亚新几内亚的245个样本。

研究人员表示，它可用于研究环境中病原体的自然发生的基因突变，种群结构和地理变异。该软件能够在20秒内构建63个MRSA分离株的系统发育树。

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