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计算机模型研究基因表达

2018-12-08 14:23:50 • 来源：

基因回路是基因簇，可以通过称为转录因子的蛋白质影响彼此的表达。在构成这种基因回路的基因的蛋白质合成过程中涉及的大量未知反应参数使得可用的基于计算机的模型难以模拟该过程。

来自沙特阿拉伯Thuwal的King Abdullah科技大学(KAUST)和美国德克萨斯A&M大学的一组研究人员提出了一种新的模型来估计这些反应参数，以帮助绘制基因电路图，发布他们的结果生物信息学。

计算机模型研究基因表达

该模型被称为分解和积分参数估计(PEDI)，专门用于基因电路，而不是大多数其他参数估计模型，它们产生更通用的结果。

为了测试该模型，该团队将计算机生成的mRNA数据从许多物种共有的三个基因电路输入到PEDI和其他已有的参数估计模型中，以比较输出。PEDI在准确度上优于其他类似的现有方法，误差比其他模型产生的最佳参数解决方案低至少30%。

为了针对实验数据测试模型，他们使用来自酵母的mRNA数据。PEDI的结果与实验结果非常相似。

“这种新模型可以加速基因调控系统的逆向工程，整合计算模型和实验研究，以更好地了解生物系统，”该研究的主要研究者辛高说。

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