研究人员解码了银杏叶的基因组

中国的一个科学家小组对最古老的活树种银杏(Ginkgo biloba)的基因组进行了测序

银杏是一种广受欢迎的树，原产于中国，已经种植了一千多年。

在亚洲，银杏用于药用，其种子也是一种受欢迎的美食。在西方，银杏叶提取物通常用于各种民间疗法，包括作为改善认知功能的治疗。

今天的银杏是种子植物古老群体(Ginkgophytes)中唯一幸存的物种，甚至可能是二叠纪(高达2.7亿年前)。

银杏属本身可以追溯到大约1.7亿年前的侏罗纪时期。

作为一种活化石，银杏叶的形态与其已灭绝的亲属相比几乎没有变化。一棵树可以长达1000年，长到120英尺高。它有短枝，扇形叶子和不可食用的水果味道很差。果实有内种子，可能有毒。

为了研究银杏在遗传和分子水平上的非凡生物学，对其基因组进行测序是植物生物学家的愿望清单。然而，由于其大小以及大量重复序列的存在，组装整个基因组序列将是一项艰巨的任务。

该团队由北京基因组学研究所(BGI)的Wenbin Chen博士领导，该基因组的基因组伸展超过10 GB，比模式植物拟南芥(Arabidopsis thaliana)的基因组大80倍。

树的基因组也比其他植物物种更大，这些物种以极大的基因组而闻名，例如玉米或兰花。

“产生了大量的原始数据(2 TB)，基因组装的计算能力受到巨大数据和极高比例的重复序列的挑战。因此需要大量的内存，“陈博士说。

“银杏的大基因组可能是由于全基因组重复和插入非常高比例的重复序列，至少76.58%，以及由于插入转座因子而导致的所有测序物种中最长的内含子。”

“银杏代表种子植物的五个活组之一，没有活着的亲戚，”来自浙江大学的团队成员赵云鹏教授说。

“这样的基因组填补了陆地植物的主要系统发育空白，并提供了关键的遗传资源来解决进化问题，如裸子植物谱系的系统发育关系，陆地植物基因组和基因的进化，发育特征的创新，性别的进化以及历史银杏的人口学和分布，抵抗和保护。“

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