病毒喜欢耕种区域到自然区域

与非农业地区相比，农业地区受病毒性流行病的影响更大。这是一项国际研究的结果，该研究是法国 - 南非在西开普省和卡马格地区的植物区合作的一部分。这些结果于2018年1月发表在ISME Journal上，这是一本微生物生态学杂志。

农业对植物病毒在环境中的分布和流行具有相当大的影响。在农业区，病毒感染的频率明显高于自然区。这是由Camargue(法国)和西开普省(南非)的国际科学家团队进行的一项研究的结论，其结果于1月份在ISME期刊上发表。

CIRAD植物病毒学研究人员Philippe Roumagnac解释说：“与作物品种一样，遗传上相似的生物聚集和集中，助长了流行病。”该研究还表明，就微生物的生物多样性而言尚未开发的“天然隔室”含有大量病毒。“与农业用地相邻的地区可以使我们更好地了解植物病害的出现，”他说。

虽然50%的新出现的植物病害是病毒，但仍然缺乏对植物病毒多样性的了解。据官方统计，到目前为止，已经对大约1,400种植物病毒进行了表征和分类。这个数字可能远远低于植物病毒的真正多样性，最近对陆地和海洋生态系统的探索表明了这一点。而且，这个数字无疑在两个层面上被扭曲了。首先，病毒的描述几乎完全基于极少数的农业植物物种进行，其次，大多数病毒仅在宿主出现症状后才被表征。“因此，我们对植物病毒世界的了解在多样性方面仍然非常局部，但在农业生态系统层面的分布方面也是如此，”CIRAD的植物病毒学研究员Denis Filloux说。“缺乏知识是我们理解农业生态系统全球功能，以及新植物病毒病出现中风险因素的定义和量化或解决这些疾病的策略设计的障碍。”剩余待鉴定的大多数病毒存在于人类活动很少的区域。

为了达到这个结果，科学家采用了一种新的病毒宏基因组学方法。“Metagenomics是一种对填充给定环境的微生物的所有基因组进行高通量测序的方法，”Philippe Roumagnac解释说。“例如，它使我们能够进入病毒体，换句话说，所有病毒序列都包含在宿主生物体或含有几种潜在宿主的样本中。”

自2009年以来，植物病理学中出现了新一代宏基因组学研究，不仅可以分析生态系统或生物体的整体基因组，还可以将病原体序列与宿主和/或地理位置直接联系起来。。空间宏基因组学的这项原始研究通过揭示许多被分析的植物是病毒感染的，彻底改变了植物病毒分布的观点。

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