Aequatus是一种免费的开源可视化工具可以对同源基因进行深入比较

Aequatus是Earlham Institute(EI)开发的一种新的生物信息学工具 - 有助于深入了解不同物种之间的同线信息，提供一个系统，以更好地识别重要的，正向选择的和进化保守的DNA区域。

通常，密切相关的生物显示出高度的同线性，即它们沿着染色体具有相似的序列，其中被认为具有相同功能的密切相关的基因聚集在物种之间的类似组织中。因此，许多人类基因与哺乳动物具有高度的同线性，从黑猩猩到小鼠。

研究生物之间的同线性可以帮助我们确定遗传区域如何通过进化发生变化，并且具有深远的应用 - 包括更好地了解进化和我们如何形成，帮助研究人类健康，以及培育更好的作物。

数据基础设施小组的Anil Thanki说：“我们对Aequatus非常兴奋，因为它提供了一种非常直观的方式来显示物种间的同源基因.Aquatatus使用可用于表示基因组学数据的最新网络技术提供无缝的用户体验。生物学家通过在基因组特征水平上比较它们来深入研究同源基因的细节。我们还将这个资源与SMART蛋白质域信息服务器联系起来，让研究人员无需切换服务即可获得相关数据。

屡获殊荣的实际应用程序

除了在GigaScience上发布Aequatus工具外，EI的Davey集团的主要开发商Anil Thanki被提名为ICG-13奖项，该奖项是第13届中国深圳基因组学国际会议。

Aequatus采用开源技术构建，提供快速，直观的基于Web的浏览体验，弥合系统发育变化与基因特征信息之间的差距。

Aequatus的开发产生了一个开源JavaScript库 - Aequatus.js--它保留了完整可视化应用程序的功能，但可以与其他Web应用程序集成，例如非常流行的Galaxy生物信息学工作流平台。

其中一个应用程序是最近发布的GeneSeqToFamily工具，这是一个基于Ensembl Compara GeneTrees管道的Galaxy工作流程，用于查找基因家族。Aequatus插件已在Galaxy(目前在usegalaxy.eu)上提供，以便可视化从GeneSeqToFamily获得的最终基因家族。

一种新颖，更完整的可视化工具

虽然传统的系统发育树(“家谱”中共享祖先的可视化)提供了同线性的概述，但Aequatus还提供了有关基因结构变化的信息，包括其中与表型(外观)变化相对应的变异。

使用“指导”基因作为参考，基于比对定位其他基因(序列相似性的分析，或基于它们的DNA或蛋白质序列两个基因彼此相关的接近程度)。从开源数据库，Ensembl Compara和Ensembl Core中检索比对，然后Aequatus处理比较和特征数据，以基于共享的配色方案提供物种之间的系统发育和结构变化的视觉表示。

使用Aequatus工具可视化的典型基因树。

这有助于可视化同源区域，同时还允许识别基因的变化，例如插入或缺失，黑条表示与“指南”相比特定于给定基因的插入。

总体而言，Aequatus提供了一种独特的方式来探索各种物种基因之间的复杂关系，这种关系迄今尚未实现。Aequatus不仅适用于包括小鼠和人类在内的高质量参考基因组，而且设计用于难以组装或非模型生物。

最新版本的Aequatus还支持Ensembl REST API，它可以直接从Ensembl服务器检索数据，并且不需要使用本地数据来提高Aequatus的可移植性。

数据基础设施组织负责人Rob Davey补充说：“很高兴看到这项工作在国际会议上发表并确实被选中。这表明基因组数据的可视化仍然是一个活跃而有价值的研究领域，而Aequatus确实可以帮助研究人员获得有关其基因和感兴趣的生物的更细粒度的信息“。

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