新工具可预测蛋白质与长非编码RNA的相互作用

研究人员不仅仅是阅读人类基因组中包含的信息，而且为了充分了解它的工作原理，研究人员的目标是了解这种微小调节装置中所有元素的来龙去脉。许多实验室，联盟和项目致力于获得基因组功能区域的全局视图，并了解哪些细胞类型基因是活跃的。

有趣的是，只有一小部分人类基因组(约2%)含有编码蛋白质的基因，蛋白质是细胞的组成部分。剩下的98%对于调节很重要，这意味着它参与控制基因活跃的时间和地点。大部分基因组产生RNA分子，称为非编码RNA，其大小，结构和功能不同。由于不同类型的非编码RNA可以以不同方式与蛋白质相互作用，因此已经进行了大量努力来研究它们。到目前为止，还没有可用于处理很长RNA序列的计算工具，并且通过实验方法研究它们目前是一个巨大的挑战。

在最近发表于“ 自然方法”的文章中，巴塞罗那(西班牙)基因组调控中心的研究人员与EMBL位于蒙特罗通多(意大利)和加州理工学院(美国)的科学家合作，推出了一种新的计算工具。预测蛋白质与长非编码RNA的相互作用，他们使用先进的实验技术进行验证。

“长的非编码RNA与各种蛋白质相互作用，介导重要的细胞功能。试图识别这些相互作用可能是一个很好的起点，以便了解这些分子在细胞正常功能中的作用，同时也可以在疾病中发挥作用，” Gian Gaetano Tartaglia，ICREA基因组调控中心(CRG)研究教授和本文的主要研究者。

新的计算工具称为全局评分，它允许科学家预测在非编码RNA的序列中，蛋白质将在何处建立物理接触。为此，该算法不仅整合了蛋白质与特定RNA结合的全局倾向，而且还整合了这种结合的局部特征。“在预测蛋白质相互作用时，RNA的结构绝对重要。我们的主要挑战是能够使用RNA序列，无论其长度如何，以便在寻找蛋白质配偶体时保持其结构特性的完整视图，”Davide补充道。 Cirillo，CRG的博士后研究员和论文的第一作者。“我们开发的算法集成了这些信息，不仅可以让我们预测蛋白质合作伙伴，但也优先考虑他们进行实验验证。这种方法学的进步对于更好地研究长的非编码RNA及其功能至关重要“，研究人员总结道。

这项工作再次强调了生物信息学和计算生物学对推动知识及其在促进和加速生命科学研究中的关键作用的相关贡献。

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