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DNAnexus为玉米基因组的研究和分析提供动力

2019-01-15 18:39:38 • 来源：

全球领先的基因组信息和数据管理,今天宣布的细节与Dawe实验室从佐治亚大学合作,高度从爱荷华州立大学实验室,并从冷泉港实验室器皿的实验室和美国农业部(USDA),成功地完成新创玉米基因组组装的人口,其中包括26个品种在美国找到。DNAnexus提供了一项交钥匙服务，克服了由于玉米基因组的复杂性和可伸缩性的需要而带来的挑战，使组装时间减少了350倍，参考基因组质量的连续性提高了10倍。

DNAnexus为玉米基因组的研究和分析提供动力

这种合作意义重大，因为到本世纪末，据估计将有110多亿人居住在地球上。气候变化的影响，以及人口的增长，都需要基因农业的改善，就像人类健康中的精准医疗一样。玉米是世界上最重要的谷物，从产量上看，它是一种特别重要的作物，为了满足日益增长的全球需求，必须了解玉米。

“我们利用DNAnexus和他们的xVantage小组帮助我们完成了玉米的种群水平基因组组装，”美国农业部农业研究所(USDA ARS)和冷泉港实验室(Cold Spring Harbor Laboratory)的科学家兼兼职教授多林·韦尔(Doreen Ware)博士说。“这个团队真的为我们推进了前沿，让我们能够对这个特别复杂的基因组进行规模和优化，并利用多种技术来提供高质量的参考装配。”利用这一玉米基因组的新知识，研究人员可以进一步提高玉米产量、营养含量以及这种植物对气候变化、害虫和疾病的负面影响的抵抗力。

玉米基因组的装配尤其复杂，因为这种植物的重复和转座因子是不断变化的。玉米基因组的大小与人类基因组相似，三分之二的玉米基因组由重复区域组成，这就需要大量的计算资源来进行精确的从头组装。利用Microsoft Azure上的DNAnexus，本次合作使用了多种测序和组装技术，包括PacBio SMRT长读技术、Illumina短读技术和BioNano光学映射技术。

DNAnexus首席执行官理查德•戴利(Richard Daly)表示:“这个玉米组装项目是一个强有力的例子，说明了DNAnexus是如何被用来加速科学发现的。”“下一次绿色革命将由数据驱动。作为全球领先的基因组组装服务商，我们感到非常自豪。

来自玉米大会的数据将在2019年1月12日至16日在加州圣地亚哥举行的国际植物和动物基因组会议上公布。如需更多信息，请参会DNAnexus展位(227号)或在此了解更多信息。

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