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在发展中国家生成DNA序列数据

2019-04-01 14:27:50 • 来源：

在全球范围内，生物多样性集中在赤道附近，但是生成DNA序列数据的科学机构研究生物多样性往往聚集在发达国家的两极。然而，DNA测序成本的迅速下降有可能改变这种动态，并创造更公平的基因研究全球分布。在最近一期“植物科学应用”中发表的研究中，Gillian Dean博士及其同事展示了在印度尼西亚实验室生产高质量序列数据的可行性。

在发展中国家生成DNA序列数据

对于发展中国家的许多实验室而言，缺乏资金和实践经验是产生其自身DNA序列数据的主要障碍。然而，近年来，生产DNA序列数据的财务，技术和后勤负担急剧下降。DNA测序越来越多地集中在“核心”设施上，专门用于以高容量和低成本从制备的样品中生产高质量的序列数据。这意味着实验室只需要对组织进行初步处理，以准备将DNA样本送至测序核心设施。

制备样品用于测序所必需的分子技术如DNA提取，纯化和PCR现在已经非常成熟，使用相当便宜的试剂(成分)相对简单的方案。“建立一个分子生物学实验室似乎令人生畏，但随着方法变得越来越便宜和越来越强大，它确实可以让越来越多的研究人员接触到，”该研究的第一作者Gillian Dean博士解释道。“我们希望分享我们的专业知识，以帮助人们设置这些方法，并充分利用可生成的数据类型。”因此，Dean博士及其同事在西爪哇省Cibinong的印度尼西亚科学研究中心生物学研究中心植物标本馆的分子系统学实验室比较了生成DNA序列数据的方法。印度尼西亚。该试点研究中产生的DNA条形码数据是印度尼西亚西加里曼丹省Gunung Palung国家公园开放式数字植物群的项目的一部分。

帮助发展中国家的实验室建立生产DNA序列数据的能力，扩大了DNA序列数据库的贡献者数量，这对科学普遍有益，可能有助于任何数量的生物信息学分析。据迪恩博士说，“更广泛的科学界通过提高人们产生数据的能力而受益。”但它也加强了发展中国家的科学机构，扩大了科学家可以进行的研究和他们可以回答的问题。

“准备感兴趣的DNA用于测序的能力意味着发展中国家的科学家在设计项目，选择他们产生的数据以及出于何种目的时拥有更多的自主权，”Dean博士解释说。“它还使这些科学家能够平等地访问和控制结果数据。”除了科学效益之外，还有一个法律理由可以扩大向更多国家生成DNA序列数据的能力，因为许多生物多样性的国家已经制定了限制在境外进行的研究获取抽样的法律。

Dean博士还强调了扩大发展中国家分子实验室能力的伦理方面，这有助于建立一个更公平的全球科学机构，并解决殖民主义的遗产问题。“我认为重点是我们必须更多地包括来自样本来源国家的科学家。从历史上看，来自较发达国家的研究人员已经到达并将标本带回他们的祖国，并且在许多情况下还没有分享结果数据与原籍国，“迪恩博士说。“我们必须摆脱这种局面，开始在欠发达国家开展公平的研究。”这项研究代表了漫长旅程的一步。

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