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ECCITE-seq促进多模式单细胞分析

2019-04-24 09:59:35 • 来源：

最近由纽约基因组中心的科学家开发的ECCITE-seq允许研究人员对单个细胞的多种信息形式进行高通量测量，根据Nature Methods昨天发表的一篇论文。

ECCITE-seq促进多模式单细胞分析

通过测序，ECCITE-seq或扩展的CRISPR兼容的转录组和表位的细胞索引，并行地分析来自数千个单细胞的不同类型的生物分子，提供可用作基于CRISPR的汇集遗传学筛选中的读数的广泛信息。

2017年，NYGC发布了一个相关工具CITE-seq，它可以检测蛋白质和单个细胞中的转录组。他们通过使用相同的概念对单个样品进行条形码编码，从而在2018年发布的名为Cell Hashing的方法中对单细胞RNA测序实验进行多重化，从而完成了这项工作。这些技术在最近的Biocompare电子书中得到了广泛的应用。

“也许这种方法最重要的应用在于CRISPR屏幕，”高级研究科学家，该研究的第一作者Eleni Mimitou博士说。“将指南的直接捕获与多模式读数相结合，有望使这些单细胞筛选更加稳健和高效，并揭示单独在RNA水平无法检测到的细胞表型，”她继续说道。在原理证明分析中，Mimitou博士及其同事展示了高效的指导捕获，并对目标转录物进行了特异性指导反应，并显着降低了蛋白质水平。ECCITE-seq与现有的CRISPR指导库兼容，可广泛应用于检测单细胞水平的扰动。“对于ECCITE-seq，我们调整了我们之前关于蛋白质检测和样品多路复用的工作，并将它们与直接检测用于CRISPR筛选的单一指导RNA的能力结合起来，”NYGC技术创新经理Peter Smibert博士说。新研究的实验室和相应的作者。“ECCITE-seq中的单独测量是模块化的，因此研究人员可以选择他们需要为他们提出的问题做出哪些测量，”他继续道。

“虽然我们已经证明了这种方法在癌症中的实用性，但它是一个可以应用于一系列生物系统和疾病研究的平台。随着未来的发展，包括增加新的模式，我们看到ECCITE-seq和未来扩展它的方法作为更好地审查个体细胞的基本工具，“Smibert博士解释说。

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