便携快速低成本DNA测序的质量控制

TGAC的科学家们一直在使用牛津纳米孔的MinION测序仪，采用开源的，基于序列比对的基因组分析工具“NanoOK”。纳努克是第一个开源工具，它为附庸平台全面基于比对质量控制和差错剖面分析。NanoOK的主要输出是详细的PDF报告，其中包含样本分析数据的图表。各个图表也可以包含在出版物和演示文稿中，原始数据可供用户执行其他自定义分析。

该工具目前支持四种流行的Nanopore对齐器，但可通过Java编程接口轻松扩展。它还可以优雅地处理宏基因组采样，因为支持多个参考序列，输出报告PDF受益于编程语言R的图形功能，可以快速报告大数据量。

MinION是一款小巧便携的设备，比典型的电视遥控器小，可在千字节长度范围内产生长读数。USB连接设备，其紧凑的尺寸和便携性使其成为低成本研究实地工作的理想选择。NanoOK基于对齐的全面错误分析使研究人员能够了解数据质量，不同对齐工具的效果以及了解MinION化学和软件更新的效果。

第一作者，TGAC数据基础设施和算法小组项目负责人Richard Leggett博士说：“MinIon Access Program(MAP)内的变化速度很快，NanoOK等工具可以帮助研究人员理解和评估变化。随着预期的更新推出，这将是至关重要的，例如在Oxford Nanopore的May London Calling活动中宣布的“快速运行模式”。

“NanoOK通过一个简单易用的界面提供全面的基于对齐的Nanopore读数分析。在我们通过MAP的过程中，我们发现它是一个非常宝贵的工具，用于理解序列发生器中出现的数据，我们相信它会有广泛适用于与MinION合作的其他团体。“

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