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算法估计癌性表观遗传变化

2018-12-08 13:24:42 • 来源：

在细胞核内部，DNA被包裹在染色体结构内称为组蛋白的蛋白质周围。酶可以异常修饰这些组蛋白，沉默产生抑制癌症的蛋白质的某些基因。现在，一个国际研究团队已经设计出一种基于计算机的模型，可以检测癌细胞染色体中的组蛋白修饰，并将其结果发表在Bioinformatics1中。

该模型被称为癌症中的组蛋白修饰(HMCan)，是一种分析和鉴定组蛋白修饰的算法。它使用来自ChIP测序(ChIP-Seq)的数据来估计癌细胞基因组中基因的拷贝数改变，ChIP测序是一种分析蛋白质和DNA之间相互作用的方法。

为了测试HMCan的功效，来自沙特阿拉伯Thuwal的阿卜杜拉国王科技大学(KAUST)和巴黎居里研究所以及巴黎科技矿业的研究人员将其与其他三种已用于分析正常数据的工具进行了比较。基因组。HMCan能够比所有三种工具更好地检测模拟癌症基因组中组蛋白修饰的迹象。

他们随后在培养的人类膀胱癌细胞上测试了HMCan，其中“提供了比识别组蛋白修饰的三种工具更好的结果，”研究的共同作者Valentina Boeva说。

这可以允许医生检测组蛋白修饰，这可以用于设计抗癌药物以消除这些癌变化。

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